Будучи принцем-правителем Амасьи, Баязид покровительствовал зарождавшемуся ордену дервишей Хальвети, у шейхов которого были связи с Узун Хасаном и чье учение имело определенные общие черты с доктриной Сефевидов. Мехмед II, относившийся с подозрением к святым подвижникам из восточных провинций, изгнал влиятельного шейха Хальвети из Стамбула, но, унаследовав отцу, Баязид пригласил одного из наиболее выдающихся учеников шейха поселиться в столице, и орден преуспевал. Собственная склонность Баязида к мистике может отчасти объяснить, почему он старался избегать открытого конфликта со своим новым соседом Сефевидом. Зимой 1504/05 года он написал Исмаилу, порицая его обращение с мусульманами-суннитами и предупреждая его, что добрые отношения смогут развиваться, только если гонения прекратятся. Нападение на территорию Сефевидов в 1505 году сына Баязида Селима вызвало довольно мягкую реакцию Исмаила; обоюдная осторожность Исмаила и Баязида была еще заметна в 1507 году, когда Баязид дал молчаливое согласие на проход Исмаила по османской территории в ходе кампании против эмирата Дулкадир. Как Узун Хасан до него, Исмаил какое-то время поддерживал контакты с Венецией, в надежде заключить договор против османов, но безуспешно; например, в 1508 году он снова предложил союз, Венеция не согласилась на том основании, что должна соблюдать свое мирное соглашение с османами. Постепенно шах Исмаил подчинил своей власти все бывшие территории Аккоюнлу и к 1508 году дошел до Ирака и взял Багдад, бывшую резиденцию халифата.
Нежелание Баязида провоцировать шаха Исмаила расходилось с рвением его сына принца Селима противостоять угрозе со стороны кызылбашей. Селима, третьего из четырех оставшихся в живых сыновей Баязида[15] и много лет принца-правителя провинции Трабзон на обедневших приграничных землях империи,