Победу в войне с Венецией принесли Баязиду морские силы, но они нуждались в восстановлении, и он приступил к полномасштабной реконструкции своего флота. Были построены более легкие, более маневренные корабли, личный состав флота значительно увеличился. В течение нескольких лет не совершалось никаких серьезных морских операций, флот был задействован для удерживания морских путей открытыми, защищая торговые и другие суда от пиратства, как свои, так и иностранные, ходившие в восточных водах Средиземного моря.
Наличие мощного флота открыло для османов новые перспективы, как когда-то для европейских государств. После того как Васко да Гама обогнул мыс Доброй Надежды в ноябре 1497 года и добрался до Индии следующей весной, коммерческие интересы Португалии вошли в конфликт с многовековой арабской торговлей в Индийском океане; в частности, они угрожали контролю мамлюков над торговлей специями из Южной и Юго-Восточной Азии. Усилия мамлюков на море оказались недостаточными, чтобы защитить свои интересы: в том же году, когда португальцы активизировались в Индийском океане, в восточной части Средиземного моря стало расти число пиратских нападений с острова Родос, и победа родосского флота над мамлюкским конвоем с грузом дерева с берегов Северной Сирии в 1508 году продемонстрировала беспомощность мамлюков на море. Мамлюкам пришлось обратиться за помощью к Баязиду, таким образом Баязиду удалось добиться того, чего он не смог взять силой: признания его превосходства над мамлюками в борьбе за господство на Ближнем Востоке. В 1510 году посольство к османскому двору было вознаграждено дополнительной помощью оружием и продовольствием для мамлюкского флота. В дополнение к компетентности в морском деле, артиллерия османов была не хуже, чем та, которую использовали европейцы; они снабдили флот мамлюков пушками против португальцев, а также отправили своих офицеров командовать мамлюкским флотом.
Эта неспособность мамлюков защитить свои корабли от португальцев дала Баязиду прекрасную возможность вмешиваться в дела мамлюков и преследовать свои интересы. Его мотивы были различными: доступ османов в Индийский океан позволит ему участвовать в прибыльной торговле специями, тогда как поддержка мамлюков воспрепятствует