Охоронцям «в’язниці» видали подібну до військової форму, темні окуляри (для уникнення зорового контакту) і дерев’яні палиці – символ статусу. «В’язні» отримали тоненькі шапки, незручні комбінезони. Білизна для них не передбачалася, і замість імен їх розрізняли за ідентифікаційними номерами. Закріплений на одній нозі маленький ланцюг мав нагадувати про статус арештантів. У камері кожному «в’язневі» надавали матрац і просту їжу.
Перш ніж розпочався експеримент, «в’язнів» відправили додому й наказали чекати подальших указівок. Удома на них чекали рейди справжньої місцевої поліції, яка погодилася допомогти з експериментом, і звинувачення в збройному пограбуванні. «Заарештованим» зачитали права, зняли відбитки їхніх пальців, сфотографували, роздягнули, обшукали, дезінсектували й розвели по тюремних камерах, де їм належало провести подальші два тижні.
У кожній камері розмістили по троє «в’язнів», яким наказали лишатися за ґратами вдень і вночі. Тим часом «охоронці» могли йти додому, щойно закінчиться зміна. Їм дозволено було керувати «в’язницею», як заманеться. Заборонялося тільки застосовувати фізичні покарання.
Стенфордський тюремний експеримент, що, як планувалося, мав тривати два тижні, довелося зупинити вже за шість днів. Другого дня «в’язні» з Камери 1 заблокували двері матрацами. «Охоронці» з інших змін зголосилися допомогти в придушенні бунту й використали проти «в’язнів» вогнегасники. Потім «охоронці» зробили одну з камер «привілейованою» – до неї могли потрапити «в’язні», які не брали участі в бунті. Таким «в’язням» призначалася спеціальна нагорода – краща їжа. Однак «в’язні» «привілейованої камери» відмовилися від почастунку на знак солідарності з побратимами-«арештантами».
Минуло заледве тридцять шість годин від початку дослідження, як «в’язень» № 8612 почав дико кричати й лаятися. Він поводився так несамовито, що Зімбардо не мав вибору й мусив випустити його.
Тюремна «охорона» вдавалася до покарань, змушуючи «в’язнів» повторювати свої номери й виконувати фізичні вправи, а також забираючи матраци, через що «арештантам» доводилося спати на твердому й холодному бетоні. «Охоронці» перетворили відвідування туалету на привілей: повсякчас забороняли «в’язням» користуватися вбиральнею й натомість видавали в камери відро. «Наглядачі» змушували «в’язнів» мити туалети без господарського приладдя. Для особливого приниження декому наказували роздягатися догола. Третина «охоронців» виявила садистські нахили,