Второй этап развития территориальной основы местного самоуправления охватывает период 1993–1995 гг. В это время реализуется Положение об основах организации местного самоуправления в Российской Федерации на период поэтапной конституционной реформы, которое было утверждено Указом Президента РФ от 26 октября 1993 г. № 1760. Такой порядок был обусловлен тем, что Закон СССР от 9 апреля 1990 г. «Об общих началах местного самоуправления и местного хозяйства в СССР» при определении территориальной основы местного самоуправления исходил из существовавшего административно-территориального деления. Территорией местного самоуправления были сельсовет, поселок (район), город, район в городе.
В территориальную основу местного самоуправления был положен поселенческий принцип. В соответствии с этим принципом территориальной основой местного самоуправления выступали городские и сельские поселения.
Третий этап установления территориальной основы местного самоуправления обусловлен принятием и необходимостью реализации Федерального закона от 28 августа 1995 г. № 154-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации». Ко времени его принятия в Гражданском кодексе РФ появилось определение муниципального образования. В Федеральном законе № 154-ФЗ это определение стало базовым для установления территориальной основы местного самоуправления. При этом городские и сельские поселения, другие территории, где организовывалось местное самоуправление, стали называться муниципальными образованиями.
Появились и внутригородские муниципальные образования. Их создание было отнесено к компетенции представительных органов местного самоуправления