Духовна криза письменника найбільш чітко почала виявлятися з 1845 p., коли в нього виник задум книги «Вибрані місця з листування з друзями». У ній Гоголь хотів зібрати все, про що писав своїм друзям 1845 і 1846 pp. Але книга на всіх, у тому числі й на друзів письменника, справила тяжке враження своїм тоном пророцтва і напучування, проповіддю смиренності, за якою, втім, проглядалася крайня зарозумілість автора, осудом його колишніх праць, у яких російська література бачила «одну зі своїх найкращих прикрас». Вищий ступінь обурення, викликаного «Вибраними місцями», висловився у відомому листі В. Бєлінського, на який Гоголь не зумів відповісти.
Ще одним виявом перелому у світогляді Гоголя стало спалення ним у середині 1845 р., у хвилину важких роздумів, первісної редакції другого тому «Мертвих душ». Йому здавалося, що зміст книги має бути іншим, що він нарешті зрозумів, як треба писати, щоб «спрямувати все суспільство до прекрасного». А ще він вважав, що не може продовжити роботу над книгою, не виконавши свого давнього наміру поклонитися Святому Гробу Господньому в Єрусалимі. Однак і здійснення цієї поїздки не принесло душевного заспокоєння: «Ще ніколи не був я так мало задоволений станом серця свого, як у Єрусалимі і після Єрусалима, – говорив Гоголь. – Біля Гробу Господнього я був начебто потім, щоб там на місці відчути, як багато в мені холоду сердечного, як багато себелюбства і самолюбства».
Продовжуючи роботу над другим томом «Мертвих душ», письменник зрозумів, що описувати російське життя можна, тільки живучи серед нього і вивчаючи його. І 1848 р. Гоголь остаточно повернувся до Росії. Останні роки життя він подовгу жив у друзів – О. О. Смирнової, С. Т. Аксакова, О. П. Толстого, сімействі Вієльгорських. Із останніми Миколу Васильовича пов'язувала не тільки давня дружба, але й сердечна прихильність до Ганни Михайлівни Вієльгорської. За словами В. Соллогуба, вона, «здається, єдина жінка, в яку закоханий був Гоголь». Справді, збереглося свідчення про те, що Микола Васильович 1850 р. зробив їй пропозицію, але вона її відхилила.
Тим часом у Гоголі тривала болісна боротьба «між художником і піїтистом». Він багато разів переробляв написані розділи другого тому, підпадаючи то під один, то під інший настрій. На початку 1852 р. його опанував страх смерті, він проводив ночі в молитві, постився. Одного разу, лютневої ночі, серед релігійних міркувань у нього промайнув жах і сумнів, що він не так виконав обов'язок, покладений на нього Богом. Тоді він звелів відкрити трубу каміна і спалив рукопис готового другого тому «Мертвих душ». З тих пір Гоголь удався в похмуру зневіру, не приймав їжі, відмовлявся від лікування. 21 лютого 1852 р. він помер.
Письменника