Гонгадзе не був лідером опозиції – він займався політичною журналістикою. У жовтні 1999 р. під час ток-шоу «Епіцентр» президента Кучму вивели з рівноваги питання Гонгадзе про причини корупції української влади.
Коли у вересні 2000 р. Георгій Гонгадзе зник, то відразу виникло багато версій цієї події. Через два місяці у Таращанському лісі було знайдено обезголовлений труп чоловіка, який за припущенням міг бути тілом загиблого журналіста. Поруч було знайдено сріблений браслет, талісман і перстень, що, як підтвердила дружина журналіста Мирослава, належали Георгію Гонгадзе.
18 грудня після упізнання тіла Мирослава Гонгадзе заявила, що існує велика ймовірність, що тіло належить її чоловікові, Георгію Гонгадзе. М. Гонгадзе відзначила, що їй надали можливість у складі експертної комісії «оглянути те, що залишилося від тіла», що було знайдено в Таращі. Вона тоді розповіла, що «дуже складно сказати, що це таке», тому що «упізнанню воно ніяк не підлягає». За словами М. Гонгадзе, тіло можна упізнавати тільки окремими частинами.
У листопаді 2000 р. лідер Соціалістичної партії України Олександр Мороз обнародував аудіозаписи, зроблені в кабінеті президента України Леоніда Кучми офіцером охорони Миколою Мельниченком, на яких президент нібито говорить із головою Служби безпеки України Леонідом Деркачем і міністром внутрішніх справ Юрієм Кравченком про необхідність усунення журналіста. Кучма тоді стверджував, що записи сфабриковані.
На підставі цих записів тодішня українська опозиція, очолювана Юлією Тимошенко й лідером соціалістів Олександром Морозом, обвинуватила президента України в причетності до вбивства Георгія Гонгадзе.
У липні 2001р. Георгій Гонгадзе посмертно нагороджений премією Організації з безпеки й співробітництва в Європі (ОБСЄ) за внесок у розвиток журналістики й демократії. Урочиста церемонія вручення відбулася в Парижі. Премію одержала вдова журналіста Мирослава Гонгадзе. «Георгій боровся за свободу слова й права людини на Україні. Він міг би багато зробити, але його знищили. Ця премія є належною оцінкою його діяльності», – заявила тоді Мирослава Гонгадзе.
Керівник «Української правди» Альона Притула, коментуючи цю нагороду, сказала, що зараз, після його смерті, Україна й ЗМІ країни вже не такі, як були до вересня 2000 р. Своєю загибеллю Георгій згуртував журналістів і змусив владу слухати пресу.
Після зустрічі з Президентом України Віктором Ющенком у лютому 2005-го Леся Гонгадзе заявила, що його дезінформують у справі Гонгадзе, що вона більше не буде спілкуватись із прокуратурою, тому що не довіряє їй.
У квітні 2005 р. до Києва приїхала Мирослава Гонгадзе, яка з квітня 2001 р. одержала в США статус політичного біженця й працює на радіо «Голос Америки».
На зустрічі з дружиною загиблого журналіста Віктор Ющенко запевнив: силовики докладуть усіх зусиль для розкриття вбивства