Новиков, конечно, пострадал за свою слишком, по тогдашним понятиям, самостоятельную общественную деятельность: в 1787 г. он раздавал хлеба голодающим – значит, в России был голод, а разве это возможно при такой «Мудрой» правительнице; он строил школы, больницы – значит, государство не справлялось с этой задачей… Он выступал за всеобщее просвещение, за гуманные идеи к чему Екатерина уже успела охладеть; от Новикова императрице было много неприятностей. Наконец, обнаружилось, как утверждали полицейские, связи масонства с наследником Павлом Петровичем. Выяснением этих связей занимался следователь после ареста Новикова. Доказательств не было. Нашли письмо архитектора Василия Баженова, которому Екатерина поручила сооружение русского Версаля под Москвой (в Царицыно), предполагала коренную перестройку Кремля. Архитектор-масон посылал наследнику религиозные книги, изданные Новиковым с намерением, как считали следователи, «установить связь». «Преступления столь важны, – сообщалось в приговоре от 1 августа 1792 г., – что по силе законов тягчайшей и нещадной подвергают его казни. Мы, однакож, и в сем случае следуя сродному нам человеколюбию и оставляя ему время на принесение в своих злодействах покаяния, освободили его от оной и повелели запереть его на пятнадцать лет в Шлиссельбургскую крепость»151. Четыре с половиной года провел Новиков в крепости (в каземате Ивана Антоновича), терпя крайнюю нужду в самом необходимом, даже в лекарствах, хотя заключение его самоотверженно разделял доктор М. И. Багрянский.
Работы в масонских ложах в это время прекратились, и возобновились только по восшествии на престол императора Павла I, который в бытность Великим князем благоволил к масонам. На другой день после смерти Екатерины он освободил Новикова и всех, замешанных в этом деле; князь Куракин, князь Репнин, Баженов, Лопухин