Против Махно не было конкретных улик. Александровский уездный исправник доложил губернатору, что Нестор Махно задержан «за принадлежность к разбойничьей шайке и совершение нескольких разбойничьих нападений и убийство крестьянина Гуры». Доказывать вину арестованного полицейский чин счел нецелесообразным, потому что «в случае освобождения его из-под стражи по сему делу он будет задержан в административном порядке для высылки его из пределов Екатеринославской губернии».
Благодаря хорошо организованной конспирации полиция никак не могла распутать дело гуляйпольской анархистской организации. Тюремщики усиленно следили за заключенными. 1 сентября уряднику Рыжко удалось наконец перехватить записку, посланную Махно Левадному. В ней было всего лишь четыре слова: «Берите на себя дело». Неудача с запиской Махно не обескуражила, и он охотно объяснил следователю, что он лишь давал этим совет Левадному не перекладывать свою вину на других.
Махно ни на минуту не оставлял мысли совершить побег, причем не в одиночку, а массовый. Тюремные надзиратели перехватили еще одну его шифрованную записку: «Товарищи, – говорилось в ней, – пишите, на чем остановились: будем ли что-нибудь предпринимать? Сила вся у вас, у нас только четыре человека. Да или нет – и назначим день. До свидания, привет всем». Поняв, что готовится побег, тюремщики усилили надзор за заключенными, и, когда 31 декабря 1908 г. Махно и его товарищи по камере № 8 предприняли попытку бежать, схватили их.
Махно всю жизнь считал, что его выдал провокатор, член их организации Н. Альтгаузен. А предали Махно, дав на предварительном следствии ложные показания о его участии в убийстве, и тем самым подвели его под военно-окружной суд ближайшие друзья – видные члены организации Н. Зуйченко и И. Левадный.
Жандармы вынашивали планы захвата руководителей