Махно не знал, что эта, казалось бы, не имевшая никакого к нему отношения, история обернется для него большой бедой. Один из участников – А. Ткаченко, попав в руки пристава Караченцева, выдал Махно как участника вооруженного нападения на охранников. «Наконец 15 февраля 1908 г., – писал на радостях, что дело все-таки удалось закрыть, следователь своему высшему начальству, – названный выше пристав доставил мне дознание, коим устанавливается, что задержанный им по делу о вооруженной краже с завода Кернера – Андриан Ткаченко был очевидцем покушения на убийство стражников Быкова и Захарова, причем стреляли Нестор Махно и Михей Маховский. <> На сделанной мной очной ставке Ткаченко с Махно и Маховским Ткаченко подтвердил свои показания».
Теперь власти имели в руках все улики против Махно и других участников организации. 4 апреля 1908 г. Екатеринославский губернатор обратился к командующему войсками Одесского военного округа с просьбой предать гуляйпольских анархистов военному суду.
Но по каким-то, только ему известным, причинам Махно внушил доверие и вызвал сострадание у судебного следователя, и тот пообещал выпустить Нестора из-под стражи под залог. Узнав об этом, мать Махно в поисках денег стала обивать пороги гуляйпольских богачей, где служил ее муж, а затем и Нестор.
Евдокия Махно не только сетовала на свою вдовью судьбу, многодетную семью, но и постоянно твердила, что сын ее не профессиональный преступник, какими были практически все местные анархисты-коммунисты, а рабочий чугунолитейного завода, которого по неопытности втянули в преступное дело. И действительно, Н. Махно был единственным из организации, кто не бросал работу, а продолжал совмещать ее с анархистской деятельностью. Уговоры матери Махно подействовали, и заводчик И. Д. Виглинский выделил ей под поручительство 2 тыс. руб., и 4 июля 1908 г. Махно вышел на свободу. Он не пошел домой, а поехал в Екатеринослав, где узнал, что организация ушла в подполье и преследуется охранкой.
Другой, более опытный и искушенный в борьбе с государственными преступниками уездный исправник, изучив еще раз все документы, прозорливо увидел в молодом Махно опасного для режима человека, которого не так просто запугать и заставить свернуть с избранного им пути. Поэтому во избежание новых преступлений 11 июля 1908 г. он послал на имя Екатеринославского губернатора рапорт, в котором говорилось: «Привлеченный к следствию в качестве обвиняемого по делу о разбойном нападении на стражников