Несколько позднее уже упоминавшимся постановлением Конституционного суда Российской Федерации от 14 июля 1997 года № 12-П по другому делу «о толковании содержащегося в части 4 статьи 66 Конституции РФ положения о вхождении автономного округа в состав края, области» признано, что вхождение автономного округа в состав края, области «не изменяет их конституционной природы как субъектов Российской Федерации и не означает, что автономный округ утрачивает элементы своего статуса…». При этом в сфере совместного ведения РФ и субъектов РФ полномочия органов государственной власти края, области на территории автономного округа осуществляются в рамках, определенных федеральным законом и договором между соответствующими органами государственной власти, которые обязаны принять все меры для достижения согласия. После данного решения Конституционного суда РФ 8 сентября 1997 года Соглашением между органами государственной власти области и округов о порядке и условиях проведения выборов депутатов Тюменской областной Думы было установлено, что округа участвуют в выборах депутатов Тюменской областной Думы, а избирательные комиссии ХМАО и ЯНАО осуществляют организационно-технические мероприятия по обеспечению возможности участия избирателей в данных выборах (тем самым исключалась возможность создания областью параллельной системы избиркомов и при этом гарантировалась сама возможность проведения голосования). Были оговорены численность облдумы и финансирование ее выборов.
Как уже отмечалось, из-за конфликта в Алтайском крае 18 января 1996 года Конституционный суд РФ сделал вывод, что главы исполнительной власти регионов (по аналогии с устройством федеральной власти) должны избираться всенародно.
После 1996 года продолжилась и усилилась практика подписания между федеральным центром и регионами договоров о разграничении полномочий. Если до 1996 года подобные договора заключались с республиками, то с 1996-го данная практика распространилась и на иные регионы. Это, несомненно, было связано с политической конъюнктурой. В ходе подготовки к президентским выборам 1996 года федеральный центр стремился упрочить свои отношения с региональными элитами, опереться на их поддержку. Договора о разграничении полномочий играли также PR-роль в ходе избирательных кампаний по выборам губернаторов, подчеркивая «пробивные» способности и авторитет губернатора. В 1996 году было заключено 17 подобных договоров, в 1997-м – 12, в 1998-м – 6. К середине 1998 года были подписаны 42 индивидуальных договора с 46 субъектами Федерации. Если первые три договора, заключенные еще в 1994 году (с Татарстаном, Кабардино-Балкарией и Башкортостаном), именовались договорами о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий, то остальные – о разграничении предметов ведения и полномочий. В то же время, несмотря на общее увеличение числа подобных договоров, они в значительной степени стандартизируются