Во многом описанный выше процесс правовых трансформаций хронологически совпадал с процессом политического торга между федеральной исполнительной и законодательной властью и стремлением президента РФ Б. Н. Ельцина в процессе противостояния не только заменить нелояльных себе глав регионов, но и опереться на региональные элиты. В ходе конфликта со Съездом народных депутатов и Верховным Советом президентская сторона сделала ставку на руководителей исполнительной власти в регионах, позволив им значительно усилить свою власть. В дальнейшем федеральный центр зачастую закрывал глаза на нарушения в регионах федерального законодательства в обмен на политическую лояльность их глав и готовность обеспечить нужные результаты на федеральных выборах. Особенно часто это касалось «национальных» регионов[28].
Одним из пунктов программы Б. Н. Ельцина еще при избрании Председателем Верховного Совета РСФСР в мае 1990 года было подписание Федеративного договора. Данный договор был подписан 31 марта 1992 года Б. Н. Ельциным, Председателем Верховного Совета РФ Р. И. Хасбулатовым и руководителями 86 из 88 тогда существовавших субъектов Федерации. Под договором были оставлены места для подписей представителей Татарстана и Чечено-Ингушетии (они так и не были поставлены). 10 апреля 1992 года постановлением Съезда народных депутатов РФ Федеративный договор был включен в Конституцию РФ как ее составная часть. Федеративный договор в реальности состоял из трех договоров, которые вместе им и именовались (отдельные договора о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти РФ и органами власти суверенных республик; органами власти краев, областей, городов Москвы и Санкт-Петербурга; органами власти автономной области, автономных округов), и двух протоколов к первым двум договорам. Показательно, что даже в названии договора республики были названы суверенными.
В новую Конституцию, принятую 12 декабря 1993 года на референдуме, Федеративный договор включен не был. Согласно заключительным положениям Конституции, в случае несоответствия положений Федеративного договора положениям Конституции РФ действуют положения Конституции РФ. При этом,