Ситуация в регионах при этом изначально не отличалась симметричностью. В результате сочетания нескольких факторов (различие сроков полномочий, проведение в некоторых регионах досрочных выборов, разной даты первых прямых выборов, иногда сорванные выборы) за период 1991–2005 годов в некоторых регионах выборы глав проходили всего два раза, в большинстве – три раза и только в некоторых регионах – четыре раза[37]. В некоторых республиках в составе РФ дольше, чем в других регионах, сохранялись выборы главы региона депутатами регионального парламента (Карачаево-Черкесская Республика, Удмуртская Республика), а в Дагестане прямые выборы главы региона так и не были введены.
Резкое усиление влияния региональных глав в 1996—1999-м стало одной из предпосылок роста их политических амбиций. Фактический распад федеральной партии власти («Наш дом – Россия») привел к попыткам формирования лидерами губернаторского корпуса собственных партийных проектов явно в расчете вмешаться в борьбу уже за федеральную власть в условиях явно неизбежного в перспективе ухода с поста Президента России тяжелобольного Б. Н. Ельцина. Их попытки создать собственные общероссийские политические проекты и поставить под контроль федеральную власть привели к появлению на выборах в Государственную Думу 1999 года «партии региональной власти» – блока «Отечество – Вся Россия» (ОВР). Ответом федеральной власти стало создание в 1999 году блока «Межрегиональное движение „Единство“» (МЕДВЕДЬ), фактическим лидером которого стал новый премьер В. В. Путин. Как известно, в этой борьбе альянс региональных элит во главе с Ю. М. Лужковым, Е. М. Примаковым и М. Ш. Шаймиевым потерпел поражение.
В это время внутренне неоднородный федеральный центр был политически крайне ограничен возможностями вмешательства в региональные выборы, практика снятия с выборов кандидатов по его инициативе была довольно редкой (инициаторами таких скандалов обычно были сами губернаторы, и, как правило, центр избегал в этом случае конфликтов с наиболее могущественными региональными лидерами, например, не были допущены на выборы основные конкуренты М. Г. Рахимова на президентские выборы в Башкортостане в 1998 году). Наоборот,