Последнее назначение главы региона указом президента РФ Б. Н. Ельцина произошло в 1997 году в Кемеровской области: федеральный центр, также не дожидаясь выборов, заменил губернатора М. Б. Кислюка на заведомого победителя предстоящих выборов председателя Законодательного собрания Кемеровской области в 1994–1996 годах, министра РФ по сотрудничеству с государствами-участниками СНГ А. М. Тулеева.
Во второй половине 1996 года, после выборов Президента РФ в июне-июле 1996 года, начинаются массовые прямые выборы губернаторов. С их началом гипертрофированные полномочия губернаторов при формировании администраций (в большинстве регионов в новых условиях созданные вместо советов законодательные собрания согласовывали лишь назначение первых заместителей) стали де-факто еще более значительными благодаря их прямой легитимности и получению ими места членов Совета Федерации РФ и парламентского иммунитета.
Ни о каком увольнении губернаторов Президентом РФ уже не могло быть и речи, и таких случаев до отмены выборности губернаторов больше не было. Несомненно, отставки губернаторов под давлением из центра происходили (причем уже после 2000-го, например, неучастие Н. И. Кондратенко в выборах губернатора Краснодарского края на новый срок в декабре 2000-го; уход губернатора Приморского края Е. И. Наздратенко в отставку 6 февраля 2001-го и его назначение на пост главы Росрыболовства; 28 декабря 2001 года ушел в отставку президент Ингушетии Р. С. Аушев; в сентябре-октябре 2003-го прошли досрочные выборы губернатора Санкт-Петербурга в связи с отставкой В. А. Яковлева, формально ушедшего на повышение: 16 июня 2003 года он был назначен на должность заместителя Председателя Правительства РФ), но это оформлялось в виде добровольных решений и элитного обмена.
Статус членов Совета Федерации губернаторы обрели в ходе политического торга о порядке его формирования, когда в середине 1995 года решался вопрос о будущем верхней палаты Федерального собрания в связи с предстоящим истечением полномочий его первого созыва. Президентский проект, предусматривавший формирование верхней палаты путем делегирования исполнительными и законодательными органами субъектов РФ, не получил поддержки[33]. Обе палаты парламента проголосовали за прямые выборы Совета Федерации, однако этот вариант не устроил президента РФ, и он наложил вето (видимо, полагая, что прямые выборы приведут к формированию более оппозиционного состава верхней палаты). 17 сентября 1995 года президент