Начиная с этого времени, Иниго начали мучить новые телесные недуги, которые сохранялись вплоть до его смерти. После смерти врачи установили, что причиной его болей были почечные камни, которые давали себя знать в болях желудка. Парижский климат был для Иниго не благоприятен, и никто не мог ему помочь. Врачи советовали ему – как это было принято в безнадежных случаях – подышать «родным воздухом». Это стало одной из причин, которые побудили Игнатия прервать изучение богословия и, оставив Париж, отправиться на свою баскскую родину.
Философия и богословие
Что же изучал Игнатий в Париже? Какое духовное влияние испытал он в этот период? После прохождения humaniora в консервативной коллегии Монтегю, которое включали в себя прежде всего изучение латыни и классических латинских авторов, он начал занятия философией, artes. Коллегия св. Варвары характеризовалось более открытой, литературно-гуманистической направленностью. Здесь Игнатий мог наконец вдохнуть подлинно университетский воздух. Философия состояла из трех курсов, или трехгодичной программы. Первые два года изучалась в основном логика, прежде всего, Summulae Петра Испанского и комментарии к ним. Хуан Пенья использовал однако главным образом оригинальные произведения Аристотеля, Organon. На втором году обучения изучалась логика Аристотеля и комментарии к ней. Основным методом обучения были диспуты, на которых студенты упражнялись в умении мыслить и отстаивать свое мнение. После двух лет обучения студенты сдавали экзамен и получали титул бакалавра философии. На третьем курсе изучались физика, метафизика и этика Аристотеля. Обучение завершалось сложным экзаменом, лиценциатом. Среди 100 человек, подвергшихся экзамену, Игнатий занял 30 место. Теперь он получил право преподавать философию в любой точке земного шара.
При получении титула кандидат должен был пригласить своих товарищей и профессоров на торжественный обед. Игнатий мог оплатить связанные с этим расходы только благодаря помощи своих барселонских благодетелей. Титул магистра, который соответствовал сегодняшней ученой степени доктора, можно было получить сразу же после экзамена. Однако в этом случае расходы были бы еще больше, и Игнатий решил отложить этот торжественный акт еще на год. Игнатий должен был выступить с публичной лекцией, после прочтения которой он получил магистерский берет. Теперь он принадлежал к преподавательскому составу университета и имел право занимать академические должности в любой парижской коллегии. Впредь к нему должны были обращаться «магистр Игнатий». Его магистерский диплом был выдан 14 марта 1535. Игнатию было 44 года.
Его богословское образование было преимущественно томистским. В основе лежали Summa theologiae Фомы Аквинского и комментарий к Сентенциям Петра Ломбардского. Позже богословие св. Фомы получило