В первые месяцы Иниго переживал глубокое «духовное утешение». Утешением он называет внутренний мир, покой, радость, глубокий и наполняющий опыт молитвы. Иногда у него было видение некой «красивой вещи», похожей на змею. При этом видении он испытывал удовольствие. Ему не нравилось, когда она исчезала. В последствии он пишет, что до этого времени «он постоянно находился почти в одном и том же состоянии духа, испытывая весьма стойкую радость, ничего не ведая о вещах «внутренних», духовных» (РП 20). Столь резким приговором он критически оценивает этот период своего духовного развития: утешение был лишь внешним и ложным утешением.
Затем последовал второй период, время тяжелой внутренней борьбы, сильных искушений и «оставленности», под которой он понимал внутреннюю пустоту, скуку, одиночество, своего рода глухоту души, отчаяние или депрессивное настроение и фрустрацию. Эти состояния совпали у Иниго с периодом массивных «сомнений и угрызений совести», субъективно воображаемых грехов, которые объективно таковыми не являются, но вызывают сильные угрызения совести и чувство вины. Вначале Иниго страдал от сильных и необъяснимых для него перепадов настроения (РП 21). Мотивация вести новую жизнь пропадала, он чувствовал нежелание продолжать начатую жизнь, отвергал свой образ жизни. Сомнения привели к тому, что он поставил под сомнение полноту, а следовательно и действительность своей генеральной исповеди на Монтессерате. Он вновь и вновь исповедовался в тех же самых грехах. Но это было не в состоянии облегчить его совесть. Ему не помогали ни духовники, ни строгие упражнения покаяния, ни духовные советы. В конце концов он решил полностью отказаться от еды, до тех пор пока он не получит исцеления. Духовник приказал ему не искушать Бога таким образом. Иниго даже почувствовал в себе желание броситься в отверстие в полу. Это искушение покончить жизнь самоубийством он преодолел лишь благодаря тому, что считал самоубийство