В Лойоле он не принял помощи от своей семьи. Он поселился в больнице для бедняков в Аспейции и жил подаянием. Это несомненно было воспринято как вызов семье, бывшей патроном города. Сразу по своему приезду он начал – опять-таки к ужасу всей семьи – вести пастырскую деятельность. Он вел духовные беседы, ежедневно преподавал «христианское учение» – своего рода катехизис, состоявший из 10 заповедей, основных молитв и объяснения таинств – детям, проповедовал в воскресенье, что было весьма необычно для того времени, добился запрещения карточной игры, заботился о создании социального обеспечения для бедных, положил конец давнему ожесточенному спору между женским монастырем и приходом, боролся против конкубината, способствовал тому, чтобы церковные колокола трижды в день призывали верующих к «Ангелу». Вся эта деятельность имела успех. Очевидно, что его убедительность и авторитет были настолько сильны, что его слова возымели необходимое действие. Вероятно, эти мероприятия действовали еще в течение нескольких лет после его отъезда. Ангельский звон по завещанию его брата превратился в этих местах в постоянный обычай.
Его реформы не были чем-то необычным. Другие испанские реформаторские движения преследовали аналогичные цели. Необычным было лишь то, что один единственный человек в столь короткое время смог достичь такого результата. Действия Игнатия были направлены как на исправление отдельных лиц, так и на структурные изменения, которые предполагали социальные и духовные улучшения. Для него эти различные уровни были нераздельны и опирались друг на друга. Уже тогда стало ясно, что его духовность включала в себя, в том числе и материальные и политические аспекты.
На родине Игнатий пробыл около трех месяцев. Поначалу его здоровье стало улучшаться, однако потом он снова заболел. После своего выздоровления в октябре 1535 года он вновь отправился в путь. Брат уговорил его взять с собой лошадь. В провинции Наварра, в Мадриде и Толедо он выполнил поручения своих товарищей. Неподалеку от Сегорбы он навестил своего парижского товарища по учебе, который жил там в картезианском монастыре. В Барселоне он встретился со своими прежними благотворителями и оттуда на корабле отправился в Италию.
Корабль попал в бурю. Пассажиры ожидали кораблекрушение и готовились к смерти. Игнатия больше не мучил страх вечного осуждения за грехи, но он был удручен тем, что «не использовал как следует те дары и ту благодать, которую сообщил ему наш Господь Бог» (РП 91, 33). Постепенно его духовность претерпевает изменения. Страх перед