Щоб породичатися з Москвою, Брюховецький одружився з донькою боярина – і отримав від царя чин боярина. Брюховецький «бив чолом цареві всіма українськими городами». Це означало, що всі податки з міщан і селян мали йти до царського скарбу, туди ж пішли прибутки з млинів, продажу горілки та митні збори. Крім того, гетьман просив Москву ввести воєвод з ратниками до Чернігова, Переяслава, Канева, Ніжина, Полтави, Новгорода-Сіверського, Кременчука, Кодака та Остра. Воєводи в українських містах не тільки були начальниками залог, а й перебрали до рук адміністративне і фінансове управління.
Брюховецький дійшов до того, що просив царя на київський митрополичий престол призначити особу з російського духовенства. За це, крім боярської шапки, зрадник отримав у вічне володіння Шептаківську волость на півночі Чернігівщини. Продажна старшина й духовенство теж одержали маєтності та соболині шкурки.
Москва обсадила Україну переписувачами та збирачами податків. Ці повинності були непосильними. Гетьман, боячись за власну шкуру, просив загін російських стрільців для охорони, а також війська, щоб придушити непокірних, винищити збунтовані міста і села. Повернувшись в Україну, Брюховецький стикнувся з одностайною ненавистю простих козаків та всього духовенства – і особливо запорозьких козаків.
«Прочули ми, що Москва буде на Кодаку; але її там не потрібно. Зле чиниш, розпочинаючи з нами сварку. Хоча Царська Величність виявив тобі честь, але гідність отримав ти від Війська Запорозького. Військо ж не знає, що таке боярин, знає лише гетьмана» (із листа кошового отамана Івана Ждана до Брюховецького).
Брюховецький відсилав до Москви «всіх підозрілих осіб в Україні, котрі можуть сіяти нелад серед козаків» і попереджав царя листовно, що «запорожці ненадійні». Царському послові боярин-гетьман пояснив, що причиною заворушень на Запорожжі є «кривди, утиски та насильства», які чинили воєвода Протасьєв та інші начальники російських ратників. Однак найбільше обурення українців викликало підписання в Андрусові договору про перемир’я Москви з Польщею на тринадцять років. Згідно з ним, Лівобережна Україна разом з Києвом залишалась за Москвою, Правобережна – за Польщею. Запорожжя підпадало під спільну зверхність царя і короля.
Тарас Чухліб, доктор історичних наук, директор Науково-дослідного інституту козацтва, зауважує: «Було Андрусівське перемир’я 1667 року, де було чорним по білому записано, що Москва і