Після Конотопської битви лівобережні полковники заявили про підтримку Москви, а правобережні перейшли у відкриту опозицію до гетьмана. Тим часом запорожці на чолі з Іваном Сірком почали похід на Крим. Виговський вирішив скликати раду, але козаки звинуватили його в ігноруванні інтересів козацької України. Виговський спішно покинув Україну, а новим гетьманом повторно став Юрій Хмельницький.
17 жовтня 1659 року Юрій Хмельницький підписав «Переяславські статті», які Москва докорінно переробила і видала за «Березневі», підписані Богданом Хмельницьким. Згідно з новими статтями, автономія України обмежувалась. До міст входили московські гарнізони, Київська митрополія підпорядковувалась Московському патріархату, гетьман не мав права призначати полковників, виступати в походи й вести перемовини з іншими країнами без дозволу царя. Тієї пори українська еліта була безмежно далекою від реалізації задумів великого Богдана. Більшість козацької старшини дбала виключно про власну користь.
«На Правобережжі в еліті була стара козацька старшина, більшість із якої мала свої землі і легше сприймала різні військово-політичні союзи, які були спрямовані на від’єднання України від російського світу. На Лівобережжі старшина – це, як правило, вчорашні козаки. Частина дрібної шляхти у тій складовій була значно меншою. Відповідно, всі землі, які були набуті тією старшиною під час утворення Української держави, були нелегітимні, якби в якийсь зв’язок із Річчю Посполитою вступила Українська козацька держава. Натомість Московія не претендувала на ті всі землі. Там ніколи не було її власності. Повернення нащадків Яреми Вишневецького чи польської шляхти на Лівобережжя загрожувало змести козацьке землеволодіння», – Віктор Брехуненко.
Тим часом Московія починає і програє війну з Польщею. Юрій Хмельницький під тиском старшини йде на зближення з поляками і 18 жовтня 1660 року підписує трактат, згідно з яким Україна на правах автономії повертається під юрисдикцію Речі Посполитої. Найтрагічнішим наслідком