Щоб зберегти вірні боєздатні частини, Іван Виговський послав до Москви посольство з проханням пробачити його провини перед престолом, запевняючи у своїй вірності царю. Це перемир’я спонукало Ромодановського зняти облогу Варви та відійти до Лохвиці. Не маючи сил розгромити гетьманські війська у Варві, Ромодановський у другій половині листопада ініціював обрання альтернативного Виговському гетьмана Лівобережної України, Івана Безпалого, започаткувавши руйнівну для української державності традицію багатогетьманства.
На середину грудня 1658 року сил для остаточної перемоги у жодної зі сторін не було. І московити, і козаки активно готувались до продовження війни. Москва знову почала збирати військо, а Чигирин звернувся по допомогу до татар і поляків. Перегрупувавши сили, гетьманський уряд перехопив ініціативу. Окупаційні війська було заблоковано в Лохвиці.
«Отримавши підкріплення з Польщі та Криму, Виговський негайно рушив на Лівобережжя, намагаючись відновити частково втрачений контроль над тими частинами Полтавського, Миргородського та Лубенського полків, в яких уже порядкували московські гарнізони» (Андрій Бульвінський. «Конотопська битва 1659 року»).
Віктор Брехуненко: «Цю тактику пробував свого часу ще Богдан Хмельницький, починаючи від 1648 року. Він зумів подолати вади козацької збройної машини, коли брак надійної кінноти не давав змоги козакам вести наступальні військові дії проти польського війська, в основі якого була кіннота. Власне, через це програвали всі попередні козацькі повстання, а за рахунок татар Богданом Хмельницьким ці прогалини були компенсовані, і поляки були в шоці… Вони не могли знайти адекватної відповіді на ці кроки…»
Другий етап війни тривав із середини грудня 1658-го до другої половини березня 1659-го.
Уся зима й перша половина березня 1659 року минули в постійних сутичках гетьманських і московських військ у прикордонних районах та періодичних – під Києвом. Під час походу гетьманському уряду вдалось відновити контроль над більшістю територій зазначених полків. Але остаточної перемоги Виговський домогтися не зміг, оскільки під московським контролем залишалось близько десяти українських міст.
Третій етап війни (кінець березня – початок серпня 1659 року) почався з походу в Україну московської армії на чолі з князем Трубецьким.
Рік 1659-й, 18 квітня. Московське військо підходить до Конотопа – стратегічно важливого міста на українському прикордонні в районі Путивля. У війську було близько сімдесяти тисяч осіб.
У Конотопі тоді перебувала найбоєздатніша на Лівобережжі частина гетьманських військ – три козацькі полки (Ніжинський, Чернігівський та Кальницький)