Но внесение изменений в богослужебные правила в 1653 привело к противостоянию Никона и приверженцев прежних обрядов. Этот год и считается началом церковного раскола XVII века. Противники Никона восприняли его нововведения как покушение на истинные ценности русской православной веры, которую они считали самой правильной. И хотя нововведения Никона были одобрены церковными соборами, разногласия между церковными деятелями стали только обостряться. В 1656 году было принято решение его противников предать отлучению от церкви. Это решение церковного собора и вызвало раскол в Русской православной церкви на никонианскую и старообрядческую.
Притязания Никона на власть в государстве вызвали недовольство самого царя. Вначале его перестали приглашать во дворец на придворные торжества и церемонии, а в 1666 году созванный в Москве «великий собор» всех православных конфессий произвел суд над Никоном. Он был осужден, лишен патриаршего сана и священства и сослан как простой монах в Ферапонтов монастырь. Тем самым был решен вопрос о высшей власти в государстве.
Самодержавие укрепилось, церковь лишилась права и возможностей равнять себя с царской властью. Был определен «истинный» порядок: царь должен иметь преимущество в государственных делах, а патриарх – в церковных. Но его реформы не были свёрнуты и продолжали работать.
Преемник Алексея Михайловича на троне, его сын Федор пошел еще дальше в сближении с просвещенной Европой. При Федоре Алексеевиче осуществлялся поворот страны в сторону западной культуры, западной цивилизации. Был разработан проект государственно-административного переустройства страны. Предполагалось создать ряд учреждений, которые бы сократили влияние Боярской думы и власть Патриарха. Разрабатывался принцип распределения государственных служащих по степеням, соответствовавшим должностям. Намечалось разделение страны на наместничества (будущие губернии). В церковном управлении речь шла о повышении роли митрополитов и ограничении власти Патриарха. Активнее пошел процесс приглашения иностранцев на русскую службу. Многие иностранные сподвижники Петра приехали в Россию как раз в годы правления его брата.
Причем государь не считал зазорным для себя ориентироваться на заграницу. Федор следил за модой и предписал сменить старые придворные наряды на кафтаны западного образца. Заменой морально устаревшим одеждам было избрано служилое платье, максимально учитывающее нужды деятельного, прежде всего ратного, человека. Молодые бояре начали брить бороды. Вместе с тем придворным было приказано стричь волосы на польский манер и учить польский язык – это дало основания недовольным обвинять Федора в полонофилии, которую царь мог перенять под влиянием своей первой жены Агафьи Грушецкой, польки по происхождению.
В 1678 г. проведена общая перепись населения, в 1679 г. введено подворное обложение прямыми налогами,