Укрепление самодержавной власти вызвало необходимость усиления исполнительной системы в управлении страной. Значительно выросла роль приказов. Им было вменено в обязанность жестко контролировать всю систему местного управления. Однако функции приказов были плохо определены и разграничены. Отвечая за самые разные направления государственной деятельности, их руководители опирались на свою придворную челядь и подвластных ему служилых людей, плохо разбирающихся в профессиональных вопросах государственного управления.
Важным делом царя и патриарха стало восстановление местной системы управления. Еще на Земском соборе 1619 года Филарет предложил улучшить местную администрацию и установить справедливость и равномерность в службе и в податях для всего населения страны. Во времена смуты система местного выборного самоуправления в уездах и городах нарушилась. Губные старосты и земские судьи, избираемые преимущественно из местного дворянства, больше были заинтересованы в решении своих собственных, нежели государственных вопросов. Да и дворянство изрядно измельчало, их поместья пришли в упадок в результате разорения и повального бегства крестьян. В военное время центральные власти стали направлять в уезды и города воевод, поручая им, как военные, так и гражданские дела. Сложилась система единоличного управления на местах, что приводило к злоупотреблениям, насилию и взяточничеству. Жалобы на них в Москву не имели результатов, приказные дьяки и прочие чиновники скорее покрывали местных воевод, чем старались навести порядок. Взяточничество и произвол процветали и в Москве, в том числе за счет поборов с местных властей.
Навести порядок в местном самоуправлении царю и патриарху не удалось. Отозвав воевод и восстановив выборную систему местного самоуправления, центральные власти столкнулись с проблемой недостатка людей, годных для управления на местах. Служилые дворяне находились на государственной службе или уклонялись от службы, произвол и взяточничество продолжали процветать, а местное население продолжало жаловаться на неэффективность властей. Попытка установить равномерность в распределении государственных повинностей тоже не удалась. Произведя опись всех населенных земель, власти попытались установить размеры повинностей для каждого землевладельца по справедливости. Дворяне тут же стали жаловаться на то, что их земли разорены и им нечем платить подати. Свободные крестьяне и горожане жаловались на непосильность податей и отвечали тем, что уходили с обжитых мест или сокращали размер пахотной земли.
При Филарете значительно укрепило свои