Глава московского правительства хитрый и осторожный Борис Годунов, пользуясь поддержкой царя Фёдора, решительно расправился со своими соперниками – Шуйскими. Большинство из них оказалось в ссылке. Один из лидеров заговора – самый выдающийся, руководитель героической обороны Пскова 1581 года от войск Стефана Батория, князь И. П. Шуйский в той ссылке был умерщвлен. Сторонника Шуйских, митрополита Дионисия, свели с митрополичьей кафедры. Его место занял Иов, ставленник Годунова. Однако, опасность царевичу, жившему с матерью Марией Нагой и всем её небольшим двором в удельном Угличе, не убавилась. На свободе у кормила государственного правления оставались многочисленные, неявные и тайные сторонники или единомышленники Шуйских – представители боярско-княжеской элиты.
Тем временем на польско-литовский престол был избран враг православия и России Сигизмунд – принц крови королевского дома Швеции. Однако, прорусская партия Белой и Малой Руси, противившаяся избранию Сигизмунда, явно оказалась сильной. Литовско-русская шляхта Великой Литвы и Волыни стала оппозицией новому королю. Никакие уговоры, обращённые к прорусской партии в сейме, де «царевич ещё млад», не помогли противникам государственной унии с Россией. Взоры многих видных политических деятелей, предводителей шляхетства, военачальников, магнатов в Литве, в Киеве, в среде Запорожского казачества, среди представителей греческого духовенства, бежавших от османского ига в Речь Посполитую, были обращены на маленького царевича Димитрия.
А между тем в 1590 году обострились отношения английской короны с правительством царя Фёдора. Это заставило царя и Годунова вести активные переговоры с Литвой. Правительства Великого княжества Литовского и России обменялись верительными грамотами. Какие-то тайные переговоры в Вильно вёл от имени царя Фёдора царский гонец Андрей Иванов. В марте 1591 года в Литву отъехало посольство во главе с боярином Михаилом Глебовичем Салтыковым (Кривым). О чём вело переговоры это посольство можно только догадываться. Одно ясно: в Великой Литве хотели достойного преемника на престол Речи Посполитой. Не исключено, что разговор шёл лишь о преемнике на стол Великих князей Литовских! Многие литовские князья чаяли видеть независимым от Польши православное Великое княжество Литовско-Русское, во главе с православным государем.
Вскоре из Нижегородской ссылки возвращён был князь Богдан Яковлевич Бельский. Был в своё время этот Бельский любимцем Ивана Грозного, истовым опричником. В год смерти Грозного царя (1583) недовольный тем, что ему было отказано быть в свите при царе Федоре, он явился в Кремль во главе своих вооруженных холопов и сторонников с требованием привести к власти младшего сына покойного царя – малолетнего царевича Дмитрия, рожденного от Марии Нагой. Боярская дума не пошла ему на встречу и подняла против Бельского столичные низы. В столице