Бестужев-Рюмин выдвигал на передний план две основные, на его взгляд (а также и на взгляд С. Д. Шереметева), проблемы в исследовании эпохи – события 1591 года в Угличе, а также связанный с нею вопрос о происхождении и личности Димитрия (самозванца?).
Особым «мотивом» в историографии Смутного времени является переписка исследователей-единомышленников. Например, граф С. Д. Шереметев в процессе работы обращался за помощью в архивных розысках к Н. К. Никольскому – одному из крупнейших исследователей истории монастырей, в том числе и Севера России, автору книги «Кирилло-Белозерский монастырь и его устройство во второй четверти XVII века». Это был запрос о дьяках Огурцове и Истомине. Ответ на этот запрос должен был заложить фундамент под новую гипотезу (Никольский Н. К. Письмо Н. К. Никольского графу С. Д. Шереметеву о дьяках Кирилло-Белозерского монастыря Огурцове и Истомине 8 июля 1893 года. Архив русской истории, 1995, вып. 6. Cc.170–180.). Еще одним корреспондентом графа Шереметева был И. С. Беляев, который занимался архивными поисками документов Смуты, особенно по Угличу. Беляев разделял сомнения графа в правоте официальной версии о судьбе царевича Димитрия. (Беляев И. Д. К вопросу о смерти царевича Димитрия. Русская старина, 1913, № 4.). Огромный интерес вызывает и переписка С. Д. Шереметева с Н. К. Бестужевым-Рюминым (Н. К. Бестужев-Рюмин Письма Н. К. Бестужева-Рюмина С. Д. Шереметеву о Смутном времени. – СПб., 1898.).
«Письма…» были написаны в период с 1892 по 1896 год, в самый разгар подготовки С. Д. Шереметевым своего труда по угличским событиям и позволяют нам определить ход и динамику процесса исследования. В конце концов, Бестужев-Рюмин принимает концепцию графа, однако в переписке предлагает ему ряд своих вопросов, в том числе и о роли патриарха Филарета в Тушине.
Ответам на них посвящено «Угличское событие», написанное с благословения Бестужева-Рюмина, отмечавшего, что «путь, выбранный Вами, самый надежный. Если до сих пор Смутное время оставалось книгой за семью печатями, то причиной было отсутствие детальной разработки; в такой разработке на первом плане стоят взаимные отношения деятелей, разумеется, на общих основаниях условий времени…» (Н. К. Бестужев-Рюмин. Письма Бестужева-Рюмина С. Д. Шереметеву о Смутном времени. – СПб., 1898. С. 8.). Этот методологический посыл был в полной мере реализован графом в своих