Die aufkommende Artillerie und die zunehmende Bedeutung langer Belagerungen von befestigten Plätzen veränderten den Charakter des Solddienstes. Die neue Kriegsführung erforderte die zunehmende Disziplinierung der Krieger im Rahmen einheitlicher, uniformierter Truppenverbände. Die Dienstzeiten waren nach wie vor befristet, dauerten nun aber deutlich länger als früher. Im Dreissigjährigen Krieg betrugen sie schon mehrere Jahre.
Die Schweizer Reformatoren verliehen der Kritik an der Reisläuferei eine Wendung ins grundsätzlich Religiös-Moralische. Die Interessengegensätze zwischen den traditionell stärker im Soldgeschäft engagierten Inneren Orten und den Städteorten waren eine Ursache für die Glaubensspaltung und führten zum Zweiten Kappeler Krieg 1531 zwischen den altgläubigen Orten der Innerschweiz und den reformierten Städten Zürich und Bern. Die reformierte Geistlichkeit blieb fortan der schärfste Kritiker der fremden Dienste, was mit ein Grund war, dass Bern und Zürich erst 1582 beziehungsweise 1614 der Allianz mit Frankreich beitraten.
Phase 3 (Mitte des 17. bis Mitte des 18. Jahrhunderts): Das 17. Jahrhundert und die beiden ersten Drittel des 18. Jahrhunderts sind in der Geschichte Europas eine Zeit fast ununterbrochener Kriege. Die Grossmächte begannen seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts mit dem Aufbau stehender Heere. Mit dem Wandel der Kriegstechnik wurden die Soldaten mit Gewehren mit aufpflanzbaren Bajonetten für den Nahkampf ausgerüstet. Die Taktik des Schlachthaufens mit Kurzwaffen und Langspiessen war definitiv überholt. Für die Schlacht wurden die Fusstruppen in kleinere Einheiten eingeteilt und auf lange Kampflinien ausgedünnt, damit diese dem Feuer der Artillerie möglichst wenig Angriffsfläche boten. Diese linienförmigen, lang gezogenen Verbände mussten im Gefecht auf Kommando mechanisch genaue Bewegungen ausführen, die in Friedenszeiten in der Garnison mit unablässigem Exerzieren und Drill eingeübt wurden. Die militärischen Einheiten wurden grösser, die Dienstdauer länger und genau festgelegt. Strengere Dienstreglemente betonten Rangordnung und Disziplin. Hatte die Beute lange einen Teil der Entlöhnung des Söldners abgegeben, so setzte sich das Verbot der Plünderung immer mehr durch.
Die Allianzen im Allgemeinen und das Soldgeschäft im Besonderen waren seit dem 17. Jahrhundert zunehmend mit strukturellen Problemen konfrontiert. Die exorbitanten Kosten für den Unterhalt der stehenden Heere und für die zahlreichen Kriege belasteten die Grossmächte. Immer häufiger blieben die jährlichen Pensionen an die Orte und deren politische Elite aus, oft erhielten Offiziere und Soldaten in den Schweizer Regimentern ihren Sold nicht oder nur verspätet. Bisweilen nahmen die ausländischen Kriegsherren selbst bei den Orten und bei Privatpersonen in der Eidgenossenschaft Kredite auf, um dringlichsten Zahlungsverpflichtungen nachzukommen. In die Lücke sprangen in solchen Situationen seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts auch Bankiers und Financiers, die in der Lage waren, kurzfristig grosse Summen Bargeld an die Truppen im Feld zu liefern und damit zu verhindern, dass die Verbände meuterten und kampfunfähig wurden. In der Kriegsfinanzierung betätigten sich auch Financiers aus Schweizer Handelsstädten, so etwa die St. Galler Familie Högger in Frankreich unter Ludwig XIV.
Die Kriegsherren intensivierten wegen der enorm steigenden Militärausgaben die bürokratische Kontrolle über ihre ausländischen Truppenverbände und schränkten die unternehmerische Freiheit der Soldunternehmer ein. Mit ausgabenseitiger Rationalisierung, das heisst durch die verschärfte Ausbeutung ihrer Soldaten, reagierten die Regiments- und Kompanieinhaber auf die sinkenden Gewinnmargen und auf steigende Werbekosten. Der Solddienst wurde auch für die Soldaten finanziell unattraktiver, weil die Handwerker- und Arbeiterlöhne in der Heimat nun vielfach höher lagen als der Sold. Die Militärunternehmer bekundeten zunehmend Mühe, die vertraglich vereinbarten Truppenbestände für die Kriegsherren zu rekrutieren, zumal die Zahl der Deserteure sehr hoch war. Zahlreiche Söldner nahmen Reissaus, sobald sie ihren ersten Sold, das sogenannte Handgeld, erhalten hatten, oder sie machten sich auf den Feldzügen davon. Es mehrten sich Zwangsrekrutierungen: Bettler und Landstreicher wurden verhaftet und in die fremden Dienste abgeschoben, junge Männer gerieten bei Trink- und Tanzgelagen in die Fänge professioneller Werbeagenten. Längst nicht mehr alle Soldaten in Schweizer Regimentern stammten im 18. Jahrhundert denn auch tatsächlich noch aus der Schweiz. In den bernischen Soldeinheiten stammte jeder Vierte nicht mehr aus dem Corpus helveticum. Der Anteil der Ausländer stieg jeweils dramatisch an, wenn es in den Krieg ging: Während des Siebenjährigen Kriegs stieg ihr Anteil im bernischen Regiment in Frankreich von 37 Prozent (1757) auf 56 Prozent (1763) an.11 Der hohe Ausländeranteil bereitete den Militärunternehmern Kopfzerbrechen, tolerierten doch die Kriegsherren in den Schweizer Einheiten höchstens ein Drittel Nichtschweizer. Die französische und die niederländische Militärverwaltung weigerten sich, Nichtschweizern den höheren Sold für Schweizer Soldaten zu zahlen. Gewiefte Militärunternehmer führten deswegen mitunter auch Lombarden als Tessiner Untertanen oder Schwaben als Thurgauer Untertanen in ihren Kompanielisten, weil diese Ausländer sich nur schwer von Eidgenossen unterscheiden liessen.
Politisch-diplomatische Schwierigkeiten verursachten die sogenannten Transgressionen, das heisst vertragswidrige Einsätze der eidgenössischen Truppen in fremden Diensten. So waren Bern und Frankreich 1671 zwar übereingekommen, dass die zwölf bernischen Kompanien in französischen Diensten nicht gegen protestantische Mächte eingesetzt werden durften, doch führte sie König Ludwig XIV. von Frankreich dessen ungeachtet schon im Jahr darauf in einen Angriffskrieg gegen die Niederlande, und Bern protestierte vergeblich. Andere Kapitulationen untersagten den Einsatz von Schweizer Truppen in Offensivkriegen und beschränkten ihn auf die Verteidigung des Territoriums des Kriegsherrn. Auch darüber setzten sich selbstbewusste Monarchen wie Ludwig XIV. hinweg, was dazu führen konnte, dass sich im Feld Schweizer Regimenter bekämpften. Traurige Berühmtheit erlangte in dieser Beziehung die Schlacht von Malplaquet (11. September 1709) im Spanischen Erbfolgekrieg, in der sowohl aufseiten der französischen Armee als auch aufseiten der antifranzösischen Allianz Schweizer Regimenter fochten und die Berner Patrizierfamilie von May hüben wie drüben mit einem eigenen Regiment involviert war. Die eidgenössische Tagsatzung reagierte. Sie drohte Offizieren und Soldaten künftig mit Sanktionen, wenn sie sich offensiv gegen Mächte verwenden liessen, die mit einzelnen Kantonen verbündet waren. Ereignisse wie Malplaquet offenbarten die politischen Konsequenzen einer schwachen, unkoordinierten Aussenpolitik der eidgenössischen Orte, deren Eliten die partikularen Interessen letztlich höher gewichteten als jene der eidgenössischen Nation, die als solche noch kaum eine handlungsleitende Kategorie im politischen Denken der Elite darstellte. Finanzprobleme und Transgressionen waren dafür verantwortlich, dass sich die Verlängerung der Allianzen – insbesondere jener mit Frankreich – seit der Mitte des 17. Jahrhunderts schwierig gestaltete. Es bedurfte jahrelanger diplomatischer Verhandlungen, bis Frankreich und die 13 Orte ihre Allianz 1663 ein weiteres Mal verlängerten.
Im 18. Jahrhundert kam die Kritik reformerisch-aufgeklärter Kreise auf, die den Solddienst nicht mehr aus moralisch-religiösen, sondern aus bevölkerungs- und wirtschaftspolitischen Gründen ablehnten. Sie tadelten den Export junger Männer als Verlust wertvoller Arbeitskräfte für die heimische Wirtschaft und Gesellschaft. Die fremden Dienste galten diesen Reformkreisen als Zeugnis einer schlechten Regierung, die sich zu wenig um die Verbesserung der Lebensverhältnisse im eigenen Land bemühte.
Phase 4 (Mitte des 18. Jahrhundert bis zum Ende des Ancien Régime respektive bis Mitte des 19. Jahrhunderts): Das Leben in den Garnisonen prägte den Alltag der Söldner in der längeren Friedensperiode seit den frühen 1760er-Jahren. Die durchschnittlichen Dienstzeiten dauerten immer länger. Im Stichjahr 1792 hatte die Hälfte der Soldaten im Freiburger Regiment Diesbach mehr als sechs Jahre gedient. Darunter befanden sich zahlreiche Männer, die schon mehr als 20 Jahre bei der Truppe verbracht hatten. Wer sich so lange im Ausland aufhielt, kehrte nach der Entlassung aus dem Dienst nicht unbedingt in die Schweiz zurück. Viele blieben im Ausland, heirateten und gingen einer zivilen Tätigkeit nach. Viele der in der Region Paris stationierten Soldaten der Schweizergarde arbeiteten nach ihrer Dienstentlassung als Türsteher, Hausmeister, Gastwirte, Schneider, Schuhmacher oder Küster – Tätigkeiten, denen sie schon als Garnisonssoldaten in Friedenszeiten nachgegangen waren, um ihr Einkommen aufzubessern. Dabei hatten sie vom rechtlichen Sonderstatus der Schweizer Regimenter in Frankreich profitiert. Weil Schweizer Söldner keine Umsatzsteuer auf Wein bezahlten, betätigten sie sich gerne als Cafetiers und Beizer oder spannten mit einheimischen Gewerbetreibenden zusammen, welche über diese Mittelsmänner