Erst im Oktober 1938 erlangte die Slowakei ihre Autonomie, also die föderative Stellung in der ČSR mit eigener Regierung, eigenem Parlament (Slowakischer Landtag) und eigenem Haushalt. Slowakische Ministerien waren ab jetzt Bestandteil der neuen staatsrechtlichen Ordnung. Die politische Entwicklung in der Slowakei führte, ähnlich wie in den tschechischen Ländern, zu einem autoritären Regime. Die Macht übernahm die Slowakische Volkspartei Hlinkas als Partei der Volkseinheit, die als Staatspartei die Parteien der Mitte und der Rechten vereinte, während die linken politischen Parteien offiziell aufgelöst wurden. Der Parteivorsitzende A. Hlinka starb jedoch kurz vor der Autonomieerklärung. In der Slowakei konnten nur noch politische Parteien existieren, die auf einem Volksprinzip bauten. Neben der slowakischen Staatspartei traf dies noch auf die politischen Vertretungen der deutschen (Deutsche Partei), ungarischen und ruthenischen Minderheit zu. Das neue Regime liquidierte oppositionelle Gewerkschaften und andere Organisationen, Vereine sowie Periodika. Als Konsequenz des Wiener Schiedsspruchs vom 2. November 1938 verlor die autonome Slowakei einen bedeutenden Teil ihres Gebiets mit der zweitgrößten Stadt Košice. Infolge des Münchner Abkommens und des Wiener Schiedsspruchs verlor die Slowakei 20% ihres Gebiets, 20% ihrer Bevölkerung wie auch einen Drittel der Fläche mit den fruchtbarsten Böden und 20% des industriellen Potenzials. Die abgegebenen Gebiete fielen Deutschland, Polen und ein Großteil Ungarn zu, wobei das letztere die südlichen, fruchtbaren slowakischen Regionen mit überwiegend ungarischer Minderheit, aber auch einige Regionen mit überwiegend slowakisch sprechender Bevölkerung annektierte.
Die ökonomische Entwicklung wurde durch das große Defizit des ersten autonomen Haushaltes für das Jahr 1939 gefährdet. In dieser komplizierten Wirtschaftslage hatte die Slowakei nur zwei Möglichkeiten: Sie konnte sich an die Zentralregierung in Prag wenden, was für die Politiker der Autonomiebewegung inakzeptabel war, oder NS-Deutschland um Hilfe ersuchen. Die Regierung wählte die zweite Alternative. Bereits zum Jahreswechsel 1938–1939 führten die Vertreter der slowakischen Regierung mit Vertretern Deutschlands Verhandlungen, deren Höhepunkt der Besuch einer Delegation slowakischer Volkswirte in Berlin Anfang März 1939 war. Die Vertreter des NS-Regimes versprachen der Slowakei Hilfe, unter der Voraussetzung, dass ihre Regierung einen selbstständigen slowakischen Staat erklärte, was ein Teil des deutschen Plans der Zerschlagung der ČSR war. Die Delegation der slowakischen Volkswirte stimmte dieser Bedingung prinzipiell zu.
Unter Druck gesetzt erklärte der slowakische Landtag am 14. März 1939 den selbstständigen Slowakischen Staat. Am nächsten Tag besetzten deutsche Truppen die angrenzenden tschechischen Länder, die sogenannte Rest-Tschechei, aus der anschließend das Protektorat Böhmen und Mähren entstand. Wirtschaftlich stellte der Slowakische Staat einen selbstständigen ökonomischen Raum mit eigener Währung, der Slowakischen Krone (Ks), und eigener Zentralbank dar. Er wurde durch Dutzende Staaten, darunter die Westmächte und die Sowjetunion, anerkannt. Nach der Verabschiedung der Verfassung im Juli 1939 nahm das neue Staatsgebilde den offiziellen Namen "Slowakische Republik" an. Die internationale Stellung der Slowakei änderte sich teilweise, nachdem das regierende Regime sich dem Überfall auf Polen im September 1939 angeschlossen hatte, ohne selbst Krieg erklärt zu haben. Ziel war die Rückgewinnung des slowakischen Gebietes, das an Polen abgegeben werden musste, und die Stärkung der Stellung des neuen Staates gegenüber Deutschland. Diese Ziele wurden erreicht, doch änderte sich dabei die Wahrnehmung der Westmächte, die die Slowakische Republik weiter als unselbstständiges Gebilde und de facto als ein durch Deutschland besetztes Gebiet betrachteten. Nach dem Krieg gegen Polen erweiterte sich die Fläche der Slowakischen Republik auf 38 116 km2 und die Bevölkerungsanzahl erreichte 2,691 Mio.
Der neue Staat, gebildet unter dem Patronat NS-Deutschlands, befand sich in einer günstigen Wirtschaftslage, die eine Wiederbelebung der Industrialisierung und Beschleunigung des Wirtschaftswachstums ermöglichte. Die Grundlage der Wirtschaftsbeziehungen mit Deutschland wurde durch den Vertrag über das Schutzverhältnis zwischen dem Deutschen Reich und der Slowakei, inklusive des Vertraulichen Nachtrags von März 1939, und ein ganzes System weiterer im Laufe des Jahres 1939 geschlossener Verträge und Vereinbarungen gesichert. Sie waren ambivalenter Natur. Sie bestimmten die Rolle der Slowakei als der zuverlässigen Quelle von Rohstoffen und landwirtschaftlichen Produkten für die Kriegswirtschaft des Dritten Reiches. Sie bestimmten einen festen, für die Slowakei unvorteilhaften Wechselkurs der Slowakischen Krone (Ks) zur Reichsmark (RM) von 1 RM : 11,62 Ks, der in der nachstehenden Zeit immer stärker vom realistischem Wechselkurs abwich. Sie bestimmten, dass die Verrechnung des Handelswechsels und des Zahlungsverkehrs auf der Grundlage des Clearings erfolgten. Ähnlich wie in Wirtschaftsbeziehungen Deutschlands zu anderen europäischen Ländern, stellte das bargeldlose Clearing eines der Schlüsselwerkzeuge der Ausbeutung der slowakischen Wirtschaft dar. Ein Bestandteil der Verträge war auch eine direkte durch Deutschland ausgeübte Kontrolle der Unternehmen mit strategischer Bedeutung und die Besetzung zentraler Wirtschaftsorgane mit deutschen Beratern. Die Vereinbarungen beinhalteten jedoch zugleich eine fachliche, technische und teilweise auch finanzielle Hilfe Deutschlands, was tatsächlich zur Beschleunigung der wirtschaftlichen und insbesondere technologischen Entwicklung beitrug. Die kleine Slowakische Republik diente dem NS-Regime als Musterstaat und Vorbild für das positive Verhältnis des Deutschen Reichs und Adolf Hitlers zu kleinen Völkern. Die Förderung der sozialökonomischen Entwicklung der Slowakei sollte als Vorbild für andere Satellitenstaaten Deutschlands in Mittel- und Südosteuropa dienen.
Ab Mitte 1939 hatte die Regierung der Slowakischen Republik die Möglichkeit, die Kriegskonjunktur und die Vertriebsmöglichkeiten zu nutzen, die der große Markt des Deutschen Reiches bot. Zur Wiederbelebung der Ökonomie trug auch die Wirtschaftsstrategie der leitenden Gruppe slowakischer Volkswirte bei, die durch den Gouverneur der Slowakischen Nationalbank Imrich Karvaš4 und den Volkswirt Peter Zaťko5 geführt wurde. An der Entwicklung beteiligten sich ebenfalls die mit dem Regime verbündeten Minister Gejza Medrický6 (Wirtschaft), Mikuláš Pružinský7 (Finanzen) und Július Stano8 (Verkehr und öffentliche Arbeiten). Sie leiteten ein Gesetz zur Förderung der Industrie in die Wege und nutzten die Konjunktur, trotz des durch Deutschland ausgeübten Drucks, auch zum Handel mit neutralen Staaten, was erhebliche Valutaerlöse einbrachte. Die erworbenen Valuten tauschten sie gegen Gold bei der Reichsbank ein. So trugen sie dazu bei, dass die Kriegsinflation langsamer eintrat und die Versorgungssituation besser war als in den Nachbarländern oder im Deutschen Reich. Die relativ stabile Slowakische Krone erhielt den Beinamen „Donauer Dollar“. Die günstigen Wirtschaftsfaktoren spiegelten sich insbesondere in der slowakischen Industrie und Infrastruktur durch eine Erhöhung der Volumenkennzahlen und die Modernisierung wider, die mit technologischer Hilfe Deutschlands gelang. Die industrielle Produktion der gesamten Slowakei, inklusive der abgetrennten südlichen Gebiete, stieg in den Jahren 1937–1943 um ca. 63%, die Beschäftigtenzahl um 51%. Bei der Gründung neuer Unternehmen verzeichnete man ebenfalls einen leichten Fortschritt. Die Weiterentwicklung der Infrastruktur knüpfte an den zu Ende der 1930er Jahre erlebten Aufschwung an. Der Ausbau der Eisenbahnen, befestigter Straßen und erster Wasserkraftwerke am Fluss Waag wurde fortgesetzt. Die Stromproduktion stieg von 1938–1943 um 73% an. Die landwirtschaftliche Produktion stagnierte jedoch trotz großer Vertriebsmöglichkeiten. Die Ursache dafür war der Verlust der fruchtbarsten Gebiete. Zur Förderung des