Зиму 1860 г. святитель провел в Николаевске. Сюда же прибыл по дороге в Японию молодой иеромонах Николай (Касаткин), будущий архиепископ. Он опоздал на последнее судно, идущее к Японским островам, и до лета 1861 г. жил с владыкой Иннокентием, который наставлял будущего апостола Японии и, в частности, велел ему непременно хорошо изучить японский язык и жизнь японцев.
Весной 1862 г. после поездки на Камчатку и в Америку святитель вернулся на Амур и окончательно поселился в Благовещенске. Строился город, благоустраивались храмы. Начались частые плавания святителя по Амуру. Совершал он их на особом катере, которым сам и правил, причем останавливался во всех попутных селениях.
В 1863 г. он впервые познакомился с гольдами, обитавшими по берегам Амура в количестве пяти тысяч человек. «Не столько затрудняют меня средства к построению церкви, – писал владыка, – сколько то, что я не имею людей, способных на это дело (миссионерское). Молодые… могут повредить делу в самом начале… а пожилых и опытных у меня нет» [1. С. 516]. В мае 1867 г. святитель предпринял свое последнее апостольское путешествие по Амуру, посещая каждое селение. Вдоль Амура были построены 30 церквей, несколько школ, основаны две миссии.
Наступали старость и болезни, слабело зрение. В письме к московскому митр. Филарету (Дроздову) владыка Иннокентий просил найти ему место для проживания на покое в монастыре, но в конце 1867 г. пришло известие о кончине митр. Филарета[72], его старшего друга и духовного наставника, а 18 января 1868 г., будучи в г. Благовещенске, святитель получил из Петербурга эстафету от обер-прокурора графа Д. А. Толстого о своем назначении митрополитом Московским. Владыка был избран по личному желанию императора Александра II. Пораженный, владыка молча ушел в свою келью, а на следующий день, как всегда мирный и радостный, отправил депешу о согласии с волей Божией и назначением. Через месяц он выехал в Москву.
Долгий путь лежал через Иркутск и Казань, где его встретили с белым митрополичьим клобуком с бриллиантовым крестом, и наконец святитель прибыл в Москву. Москва радушно встречала своего митрополита. Первая литургия в Успенском соборе, первые обращения к пастве, посещение Троице-Сергиевой Лавры – так началось служение святителя на Московской кафедре.
И здесь, пребывая на Московской кафедре, святитель не оставил миссионерства. В конце 1869 г. он составил устав и учредил Православное миссионерское общество (ПМО)[73]. Владыка был назначен его председателем и руководил им в течение девяти лет. При открытии общества он обратился с посланием: «…Господу угодно, чтобы здесь в центре России в летах преклонных я не оставался чуждым миссионерской деятельности, которой в отдаленных уголках отечества была посвящена вся жизнь моя с ранней молодости» [1. С. 687]. Со всей России в Совет общества поступали значительные денежные средства, а также пожертвования иконами, книгами, церковной утварью. Собранные средства