В такую среду попал Михаил Глухарёв – впечатлительный, духовно одаренный, тонкий юноша. От влияния этой псевдодуховной литературы его спас ректор академии архим. Филарет (Дроздов) (впоследствии знаменитый святитель Московский), который с самого начала отметил юношу и принял его в число своих духовных чад. Михаил очень полюбил архим. Филарета и всю жизнь относился к нему с необычайным благоговением. Духовный же отец мягко, но твердой рукой вел его к полноценной духовной жизни, учил его смирению и послушанию, отводил от соблазнов, которыми была так богата тогдашняя петербургская действительность.
Впоследствии архим. Макарий напишет: «Я отдал свою волю преосвященному Филарету, тогдашнему ректору академии, и ничего не делал и не начинал без его совета и благословения, почти ежедневно исповедуя ему свои помыслы» [50. С. 29]. Он блестяще закончил Духовную академию и в 1817 г. получил направление в Духовною семинарию Екатеринослава. В совершенстве владея несколькими древними и современными языками – латинским, греческим, еврейским, французским, немецким (конечно, и церковно-славянским), неплохо зная английский и отчасти – итальянский, он впитывал в себя все богатство православной святоотеческой литературы: сочинения преподобных Макария Египетского, Максима Исповедника, Иоанна Лествичника, Симеона Нового Богослова и других отцов Церкви.
Будучи преподавателем Екатеринославской семинарии, Михаил одновременно стал ректором духовного училища. Архиереем в Екатеринославе был архиеп. Иов (Потемкин) (родственник князя Г. А. Потемкина-Таврического) – человек крутого, строгого нрава, духовно связанный с учениками прп. Паисия Величковского. В семинарии и училище в этот период была довольно слабая корпорация учителей. Михаилу трудно пришлось в этой атмосфере, хотя учащиеся очень его любили. Он пытался поселить дух Христов в учебных заведениях, для этого и устроенных, чтобы они стали рассадниками богоподобия. Между тем отношения с владыкой Иовом не складывались: у обоих были горячие, крепкие характеры. Но Господь послал Михаилу духовника – иеросхимонаха Ливерия (который был учеником Паисия Величковского) и священника Каллиника Махновского. Последний был человеком образованным, и общение с ним было для Михаила интересным и полезным. Иеросхимонах Ливерий же был простецом старческого устроения, исполненным Святого Духа. Он помог Михаилу достичь того, к чему его вел архим.