Его молитва того времени: «Отче Премилосердный… Буди началом чувствования моего, искания, размышления и всех моих деяний. Ты действуй во мне, да все, что начинаю, – совершаю во славу имени Твоего и для служения ближним моим в любви Твоей… Ниспошли Духа Святого в сердце мое… Дух Твой Святой да правит мною от начала до последнего конца и да будет во мне и хотением, и действованием, и совершением» [58. С. 327–328].
К этому времени все чаще стали происходить отпадения от православия старокрещеных татар и крещеных народов Поволжья и Сибири. Тогда в 1828 г. Св. Синод потребовал от казанского архиепископа Филарета (Амфитеатрова) и тобольского епископа Евгения (Казанцева) проектов специальных миссионерских учреждений. Ходатайство тобольского архиерея Евгения (Казанцева) (1825–1831) об учреждении двух миссий – на севере и на юге Тобольской епархии – Св. Синод утвердил, но людей, способных просвещать нерусское население, взять было неоткуда. И владыка Евгений направил по монастырям послание – приглашение желающим, прежде всего ученым монахам, приехать в Тобольск, для того чтобы заняться просвещением сибирских народов. По некоторым рассказам, собранным уже после смерти о. Макария, в келью к нему зашел паломник М. А. Атлас. Это было в 1829 г. Архимандрит Макарий, как всегда больной, сидел за печкой и занимался переводами. «Что ты, отец Макарий, забился и сидишь тут в темноте?» – спросил его гость. «Что мне делать, когда я так слаб и чувствую, что везде дует», – отвечал монах. «Ты человек просвещенный, тебе надобно других просвещать, а ты засел здесь в темноту. Иди, проповедуй Евангелие сибирским язычникам, вот Святейший Синод ищет такого человека», – сказал ему М. А. Атлас [5. С. 31–32].
И вдруг больной, уже собравшийся умирать молодой инок очнулся. В словах паломника он услышал зов Божий и с благословения игумена Филарета исходатайствовал разрешение Св. Синода. По пути к новому месту служения он заехал в Москву, к митр. Филарету (Дроздову). Преосвященный с любовью принял своего ученика и благословил его на миссионерскую деятельность, считая это волей Божией.
Вначале архим. Макарий поехал в Тобольск, к владыке Евгению (1830). Владыка хотел отправить его на север, где никакой деятельности по просвещению еще не велось. Однако одновременно надо было просвещать и южные районы Тобольской епархии, и архим. Макарий попросил по слабости здоровья направить его на юг от Бийска и взял себе в сотрудники двух тобольских семинаристов.
Опыта миссионерской работы ни у кого из них не было. В одной из инструкций Св. Синода (еще 1789 г.) было