В 1838 г. о. Иоанн по благословению епископа Иркутского направился в Петербург, как и предсказал десять лет тому назад старик Смиренников. Он поехал с целью издания на алеутском языке своих переводов и с сообщением о трудностях Аляскинской миссии. Для улучшения существующего положения он составил проект реорганизации миссии, в котором предлагал умножение числа церквей, учреждение на севере Америки постоянной миссии, назначение клира и миссионеров, учреждение благочинного над духовенством с отчетностью перед епархиальным архиереем. Уезжал он с хроническим заболеванием суставов ног, которое возникло от постоянного плавания на байдарках по Тихому океану.
Отец Иоанн приплыл в Петербург по единственно возможному тогда морскому пути – вокруг Азии, а семью, как было предсказано, отправил сухопутным путем – через Охотск в Иркутск.
В Петербург он прибыл 25 июня 1839 г. и представил обер-прокурору Св. Синода гр. И. А. Протасову доклад «Обозрение Православной Церкви в Российских поселениях в Америке с мнением об улучшении состояния оной». Но Синод был на летних каникулах, и о. Иоанн поехал в Москву, где встретился с митр. Филаретом (Дроздовым). Святитель предложил о. Иоанну остановиться у него на Троицком подворье. В результате тесного духовного общения свт. Филарет очень полюбил о. Иоанна и впоследствии о нем говорил: «В этом человеке что-то апостольское» [9. С. 41].
Довольно скоро о. Иоанн заслужил уважение и полное признание москвичей. Москва богато одарила миссионера церковной утварью, облачениями, иконами и деньгами. В ученых обществах Академии наук он оставил свои научные труды и записки по географии и этнографии Алеутских островов – о климате, языке, образе жизни, нравах, характере, верованиях, песнях, легендах местных народов, о промыслах (например, о добыче меха морских котиков), а также сделал ряд докладов. Впоследствии его научные заслуги были высоко оценены и российской, и мировой научной общественностью: он был избран членом-корреспондентом Российской академии наук, а в 1869 г. – почетным членом Императорского Географического общества.
Осенью 1839 г. о. Иоанн сделал в Св. Синоде доклад о состоянии церковных дел в Русской Америке. Доклад был полностью одобрен, а все его просьбы и предложения о помощи – и материальной, и о формировании местного клира, и по организационным вопросам – были приняты и утверждены. Его сочинения на алеутском языке утверждены к изданию, а «Указание пути в Царство Небесное» решено было напечатать не только на алеутском, но и на русском языке. Он был возведен в сан протоиерея и назначен начальником духовной миссии.
В это время в Петербург пришло известие, что 25 ноября 1839 г. в Иркутске скончалась его жена и шестеро их детей остались сиротами. И тогда митр. Филарет (Дроздов) стал уговаривать его принять монашество. Отец Иоанн не соглашался, поскольку забота о детях осталась полностью на нем. Тем временем для издания своих переводов и сочинений он отправился в Москву, и митр.