В течение одиннадцати лет Иоанн учился в семинарии, которая в то время была очень бедной, семинаристы не ели даже чистого хлеба. Он выделялся исключительными способностями, прилежным поведением. Все ему удавалось: изучение богословских предметов, пение, языки; он очень любил механическую работу, ремесла, изготовление часов. Уже в 1814 г. он получил послушание быть помощником эконома семинарии. В этом же году в семинарию пришел новый ректор, архим. Павел (Некрасов). Как тогда было принято, он по своему желанию начал менять фамилии многим семинаристам. Статному, умному, выделяющемуся Иоанну Попову он дал фамилию Вениаминов в память почившего ей. Иркутского Вениамина (Багрянского), почитаемого в епархии.
Архим. Павел (Некрасов) собирался отправить Иоанна Вениаминова в Духовную академию в Петербург. Однако по воле Божией этого не случилось. В 1817 г., за год до окончания семинарии, юноша женился на дочери священника Благовещенской церкви Екатерине Ивановне.
Сразу после окончания семинарии он был рукоположен во диакона Благовещенского храма г. Иркутска, а в 1821 г. – во иерея этой же церкви.
Его любило и церковное начальство, и народ. Он первым в Иркутске организовал воскресную школу для детей.
Его интересовали не только богословские и исторические вопросы, но он стремился осваивать различные ремесла – каменщика, плотника, кузнеца, столяра, очень любил делать или чинить часовые механизмы.
Когда иркутскому ей. Михаилу (Бурдукову) пришел Указ Синода послать священника в колонии Российско-Американской компании, владыка запросил иркутское духовенство: не пожелает ли кто-либо поехать в Русскую Америку.
Все отказались – никто не согласился ехать в Америку, в том числе и о. Иоанн Вениаминов, отказавшийся в связи с отдаленностью места служения. Но в это время в Иркутске находился Иван Крюков, проживший с алеутами около 40 лет. Он был знаком с о. Иоанном, приходил к нему домой, рассказывал о том, как там живут алеуты, как они по-детски просто принимают христианскую веру, как они умеют поститься, молиться и как хорошо было бы поехать к ним и проповедовать Евангелие. Но о. Иоанн никак не воспринимал эти уговоры.
Однажды ей. Михаил пригласил о. Иоанна по каким-то делам к себе, а в гостях у владыки оказался Иван Крюков, который пришел прощаться перед отъездом на Аляску и рассказывал об усердии алеутов к молитве и слушанию Слова Божия. Отец Иоанн в своих воспоминаниях писал: «Я вдруг, и можно сказать, весь загорелся желанием ехать к таким людям. Живо помню и теперь, как я мучился нетерпением, ожидая минуты объявить мое желание Преосвященному, и он точно удивился этому, но сказал только: «Посмотрим» [1. С. 13].
После