С 1790 по 1818 г. фактически неограниченным властителем компании в Америке был Александр Баранов. При нем был основан г. Ситха, создан флот, освоена добыча угля, русские поселения дошли до Калифорнии, где они соседствовали с поселениями испанцев. Основанный им форт Росс, несмотря на несколько пожаров, сохранился до наших дней. Баранов завязал дружественные отношения с купцами и правительствами многих стран, послужив, таким образом, делу расширения и укрепления русского влияния в Западном полушарии. С другой стороны, это был человек крайне подозрительный, временами жестокий, при нем расцвело хищническое, как к рабочему скоту, отношение к местному населению. Имена Баранова и его помощников стали нарицательными, ими родители пугали своих непослушных детей. Вводилось классическое рабство «в лучших традициях» Запада и России.
«И с 1794 г. по 1818 г., то есть двадцать четыре года, духовная миссия не получала от компании не только Библий, Нового Завета или других церковных книг, но ниже азбук для учения детей чтению, и даже восковых свеч и вина для совершения литургии ей не доставляли» [4. С. 73]. Дошло до того, что литургию в храме можно было совершать только по разрешению правителя. Об отношении Баранова к миссии можно судить по более позднему письму Голикова к императору Александру I: «Я думаю, что скоро промышленники предпримут попытку убить Германа, который человек здравый, любящий Бога, скромный, честный, идеальный монах, безупречен в своем поведении».
К чести первых монахов, они не побоялись всесильного Баранова и обращались в Иркутск, а затем и в Петербург с посланиями о притеснениях миссии и в защиту местного населения. Такие сообщения сохранились, например, в архиве Св. Синода в Петербурге. Одновременно в Иркутск и Петербург шел поток клеветнических обвинений в адрес монахов.
По жалобам монахов и других служащих миссии в Америку был направлен в качестве ревизора иеромонах Александро-Невской Лавры Гедеон, который пробыл на Алеутских островах с 1804 по 1807 г.
Школа для алеутов, которую создал архим. Иоасаф, была закрыта осенью 1801 г. В марте 1805 г. при о. Гедеоне школу снова открыли, и в ней обучалось 60 человек. Отец Гедеон и ревизор по Российско-Американской компании Н. П. Резанов стремились поднять уровень образования в школе, но им резко противостоял Баранов. После отъезда о. Гедеона школа почти закрылась, а оставшихся мальчиков обучал о. Герман на острове Еловом.
С о. Гедеоном вернулся в Россию иеромонах Нектарий, и в 1807 г. оставалось только три члена миссии: иеромонах Афанасий, монах Иоасаф и монах Герман. Много страдавший и болевший иеромонах Афанасий отбыл в Россию в 1825 г. и вскоре умер. Монах Иоасаф умер на Кадьяке в 1823 г.