В начале 1793 г. Шелихов и Голиков обратились в Св. Синод за помощью в организации проповеди православия на Алеутских островах, а также создании церковной школы для обучения местных детей и подготовки наиболее способных из них к священническому служению. Все расходы по обеспечению миссии, а также по обучению будущих священников в Иркутской семинарии компания брала на себя. Прошение купцов поддержал в Св. Синоде Санкт-Петербургский митр. Гавриил (Петров), а также одобрила императрица Екатерина II и повелела митрополиту подобрать монахов для миссии. Митрополит обратился с просьбой о содействии к своему другу, настоятелю Валаамского монастыря Назарию, который выбрал для миссии из числа братии своего монастыря шесть иноков и четырех послушников.
Возглавил миссию архим. Иоасаф (Болотов), сын священника из Тверской епархии, подвизавшийся на Валааме с 1782 г. (монашеский постриг принял в 1786 г.). В миссию входили иеромонахи Макарий (Александров), Ювеналий (Говорухин), Афанасий (Михайлов), иеродиакон Нектарий (Панов), монах Герман (Попов), послушники Михаил Говорухин, Козьма Алексеев, Дмитрий Авдеев и Никита Семенов[66].
Миссия выехала из Петербурга в Иркутск в декабре 1793 г. и через Москву прибыла в Иркутск в марте 1794 г. В Иркутске послушник Михаил Говорухин был пострижен в монахи с именем Стефан и рукоположен во иеродиакона.
В Иркутске Шелихов вручил архим. Иоасафу план церкви, которую предстояло построить на Кадьяке, а также церковную утварь, одежду и многое другое. Шелихов передал в ведение миссии школу, уже действовавшую на Кадьяке. Все заботы о миссии Шелихов возложил на Александра Алексеевича Баранова – главного правителя русских поселений Северо-Восточной Американской компании (с 1799 г. – Российско-Американской компании). 24 сентября 1794 г. на судне «Три Святителя» миссионеры прибыли на остров Кадьяк.
Алеуты, жившие на островах, были миролюбивы, честны, дружелюбны. Тяжелая жизнь и охотничий промысел на островах и в океане сделали их очень выносливыми и терпеливыми. Несмотря на многие притеснения со стороны русских, с ними ко времени прибытия миссии уже установились добрые отношения. Иное было с индейскими племенами колошей и кенайцев, которые жили на Аляске и частично на ближайших к ней островах.
Индейцы внешне были высокие, стройные, красивые, но характером, как правило, гордые, мстительные, злопамятные. За каждую обиду они должны были отомстить. Когда у индейцев умирал тойон (вождь), то вместе с ним клали в могилу жену и рабов (пленников), предварительно их убивая. Отношения индейцев с русскими можно назвать противостоянием: входить в селение индейцев без вооруженной охраны было нельзя, жители были недоверчивы и коварны. Это противостояние поддерживали англичане – конкуренты русских промысловиков, снабжавшие индейцев оружием.