Los luteranos estaban cada vez más irritados por estas intromisiones en su territorio, aunque minimizaron las diferencias para preservar la Paz de Augsburgo. El elector del Palatinado, que se había autonombrado líder calvinista, promovió su propia versión, más limitada, de irenismo para buscar elementos comunes con el luteranismo y mantener la paz. En el Palatinado, el gobierno continuó dominado por calvinistas que hostigaron a la población, en su mayor parte luterana, persiguieron a los judíos y rehusaron dialogar con los católicos.120 El calvinismo era una amenaza para la paz, pues confirmaba el argumento de los católicos fanáticos de que no se podía confiar en ningún protestante. Más grave fue el hecho de que el elector del Palatinado difundiera rumores de complots católicos para persuadir a los luteranos para que aceptasen su liderazgo y sus exigencias de cambios constitucionales. El Palatinado había perdido influencia con respecto a Baviera, gobernada por una rama rival de la misma familia Wittelsbach que había conquistado la mayor parte de su territorio en 1504 y que se había mantenido católica.121 La exigencia del elector palatino de paridad religiosa en las instituciones imperiales no solo prometía eliminar la mayoría católica inherente, sino también nivelar algunas de las distinciones de estatus que ponían en desventaja a los príncipes menores y aristócratas que formaban el grueso de su clientela política. La jerarquía dominada por los electores y unos pocos altos príncipes fue reemplazada por una estructura política formada por dos bloques confesionales, con el protestante controlado con firmeza por el gobierno del Palatinado.
Los cambios en la Iglesia imperial supusieron un segundo desafío para la paz.122 Los príncipes y nobles protestantes no estaban dispuestos a renunciar a los beneficios de participar en la Iglesia imperial, que seguía ofreciendo alrededor de 1000 lucrativas rentas para los canónigos catedralicios, así como considerable influencia política por medio de los 50 obispados y poco más de 80 abadías reconocidas como Estados imperiales. Aunque en 1555 estos fueron reservados para los católicos, la declaración de Fernando amplió la tolerancia a los individuos protestantes residentes en territorios de la Iglesia. Gracias a esta protección, los nobles protestantes se hicieron con la mayoría en varios capítulos importantes, lo que les permitió elegir a sus propios candidatos a la muerte de cada obispo católico. Maximiliano II y Rodolfo II se negaron a aceptar que esos hombres tuvieran la dignidad de príncipes imperiales, aunque los toleraron como «administradores» para preservar la paz. Diez sedes pasaron a manos protestantes de este modo, incluidos los relevantes arzobispados de Magdeburgo y Bremen. Por su parte, el duque de Baviera situó a sus parientes en las tierras eclesiásticas para presentar a su familia como los campeones de la causa católica en el imperio. Gracias al apoyo español, Baviera impidió que los calvinistas se hicieran con Colonia en 1583 y establecieron un monopolio bávaro sobre ese importante arzobispado que se prolongó hasta 1761. Con el fin de lograr sus objetivos, Baviera presionó al emperador para que denegase a los administradores protestantes los derechos propios de los Estados imperiales.
La disputa por los Estados imperiales eclesiásticos fue complicada por la problemática cuestión de los bienes de la Iglesia, tales como monasterios, bajo jurisdicción secular. La imposición del año normativo de 1552 fue obstaculizada por unos procedimientos legales, a menudo confusos, para dirimir derechos y activos empeñados o compartidos entre varios señores. La Paz de Augusburgo encargó al Reichskammergericht la misión de resolver cualquier disputa que pudiera surgir por mediación de comités mixtos formados por igual número de jueces luteranos y católicos. Los tribunales de justicia se esforzaron cuanto pudieron por juzgar con arreglo a las leyes y tuvieron pocas quejas hasta que los casos se politizaron a causa de la propaganda bávara y palatina de finales del siglo XVI.
Es probable que la paz hubiera sobrevivido tanto al desafío del calvinismo como a las disputas por la Iglesia imperial de no haberse encontrado los Habsburgo en graves dificultades hacia 1600. La partición de la herencia de Carlos dejó el título imperial en manos de Austria, pero esta quedó aislada de los inmensos recursos de España. El problema lo agravó la partición interna de 1564, que creó tres linajes separados: la rama tirolesa (con sede en Innsbruck), la de Austria interior o Estiria (en Graz) y el linaje principal, con sede en Viena. Cada una de estas ramas concedía tolerancia limitada a la nobleza de mayoría luterana que dominaba sus asambleas provinciales, a cambio de subsidios monetarios. A su vez, los nobles luteranos emplearon su autoridad para situar pastores protestantes en las parroquias y animar a sus titulares a abrazar su fe. Alrededor de 1590, momento en el que la dinastía Habsburgo comenzó a poner coto a esto con la restricción a los católicos del acceso a cargos judiciales y militares, unas tres cuartas partes de sus súbditos profesaba alguna de las corrientes del protestantismo.123 La coordinación de esta contraofensiva tuvo lugar en plena bancarrota, provocada por la prolongada y poco exitosa Guerra Turca (1593-1606) y por las disputas en el seno de la familia de Rodolfo II con respecto a su sucesión, lo cual causó nuevas concesiones a los nobles protestantes de Bohemia y parte de Austria.
Esta distracción creó un vacío político en Alemania que se sumó a la inquietud atizada por los extremistas. En 1608, el Palatinado pudo reunir suficientes apoyos para formar la Unión Protestante. Los católicos respondieron al año siguiente con la Liga Católica, liderada por Baviera. A pesar de estos acontecimientos amenazadores, el acuerdo de Augsburgo siguió gozando del apoyo de los católicos moderados y de la mayoría de luteranos, por lo que no hubo una deriva inevitable hacia la guerra.124
La Guerra de los Treinta Años
La famosa defenestración de Praga del 23 de mayo de 1618 fue obra de un reducido grupo de aristócratas bohemios desafectos que consideraban que la práctica Habsburgo de restringir los nombramientos gubernamentales a los católicos erosionaba los derechos obtenidos con la carta de majestad. Los aristócratas actuaron por su cuenta, con independencia de la Unión Protestante, que se hallaba al borde del colapso. Los defenestradores, con su acción de arrojar a tres representantes de los Habsburgo por una ventana del castillo de Praga, buscaban forzar a la mayoría moderada a elegir un bando en su disputa con la dinastía reinante.125
Los defenestradores presentaron su causa como el móvil común de todos los protestantes. La confesionalización había forjado nuevas conexiones a lo largo de toda Europa, en particular entre los radicales de una misma fe. Los militantes solían interpretar los acontecimientos en clave providencial, consideraban estar inspirados directamente por Dios y creían que sus objetivos religiosos estaban casi al alcance de la mano. Los reveses se consideraban pruebas de fe. Estos fanáticos, en minoría en todos los grupos religiosos, eran, en su mayoría, exiliados, clero y observadores externos frustrados por la política de sus respectivos gobiernos. Los radicales dominaban el debate público, pero rara vez influían de forma directa en las decisiones gubernamentales. La mayor parte de personas era más moderada y prefería que su fe avanzase por medios pragmáticos y pacíficos.126
Esto explicaría la fragilidad de las alianzas de base confesional durante el conflicto ulterior. Las operaciones bélicas, pese a que la memoria popular diga