Даян был награжден британским орденом «За Выдающуюся Службу».
После выхода из госпиталя Даян был направлен на штабную работу. Вместе с Ицхаком Саде, первым командиром Хаганы, он занимался вопросами подготовки еврейского населения Палестины к обороне против возможного вторжения гитлеровской армии через Египет. Ему принадлежала идея создания подпольной радиосети, независимой от командования Хаганы, которую намечалось использовать в случае немецкой оккупации Палестины.
В конце 1942 года, когда угроза вторжения стран Оси в Палестину уменьшилась, Даян вернулся в Нахалал и занялся земледелием. Однако в 1947 году, когда обострилась борьба с арабами и усилилась подготовка к войне, угрожавшей разразиться после провозглашения еврейского государства, он вернулся на службу в Хагану. Ицхак Саде поручил ему организовать бронетанковые и артиллерийские части.
В ходе Войны за независимость Израиля (14 мая 1948– 7 января 1949) майор Даян отличился 14–19 мая при обороне Дгании, где удалось остановить продвижение сирийцев. В августе он был назначен командующим Иерусалимским фронтом.
Весной 1949 года Даян участвовал во всех секретных встречах, проходивших на протяжении 4-х месяцев между представителями Израиля и короля Иордании Абдаллы. Целью этих переговоров была выработка мирного израильско-иорданского соглашения. В 1951 году короля убили у входа в мечеть Омара в Иерусалиме.
Моше Даян остался служить в армии.
В 1950–1953 годах Моше Даян командовал Южным, затем Северным военным округом Израиля, учился в высшей офицерской школе в Великобритании, возглавлял оперативный отдел Генштаба.
С 1953 по 1958 Даян был начальником Генштаба Цахала. На этом посту он сыграл ключевую роль в планировании операции «Кадеш» (Суэцкий кризис), завершившейся блестящим успехом.
Суэцкий кризис произошел, когда Египет национализировал Суэцкий канал. Англия, Францияи Израиль стали собирать международную коалицию, чтобы разорвать арабскую петлю. Утром 29 октября израильские войска перешли границу на трех участках. Израилю было гарантировано авиационное прикрытие на случай египетских бомбардировок. В течение ста часов непрерывных боев египетская армия была разбита и окружена. Полуостров Синай и сектор Газа были оккупированы, шесть тысяч солдат взяты в плен вместе с огромным количеством вооружений и боеприпасов.
Одна израильская колонна пересекла залив Акаба и, используя фактор внезапности, окружила египетский гарнизон в Шарм аш-Шейхе. Блокада, существовавшая с 1948 года, была снята. Морской путь к израильскому порту Эйлат был открыт.
Сразу же после завершения боевых действий Даян приступил к созданию военного управления в полосе Газа. Он стремился выявить