В соответствии с мобилизационными планами, 23 июня 1941 г. морские и авиационные части и подразделения пограничных войск со всем личным составом, материальной частью и вооружением были переданы в состав Военно-Морского Флота и ВВС РККА (за исключением Дальнего Востока, где они продолжали охранять границу).
Постановлением Совнаркома СССР от 25 июня 1941 г. НКВД была поручена охрана тыла действующей армии. 26 июня 1941 г. был издан приказ Наркома внутренних дел СССР о формировании (за счет войск Ленинградского, Прибалтийского, Белорусского, Украинского и Молдавского пограничных округов) полков, комендатур и застав по охране тыла фронтов. К июлю 1941 г. в составе фронтов было создано пять управлений войск по охране войскового тыла (ОВТ) и сформировано 25 пограничных полков, количество которых с созданием новых фронтов достигло к концу 1942 г., соответственно, девяти и 42. Только с 1 июля 1941 г. до 1 декабря 1942 г. пограничные полки сумели обезвредить около 5 тысяч шпионов и диверсантов, задержать около 40 тысяч дезертиров. Всего с декабря 1942 г. по декабрь 1943 г. пограничники задержали в тылу действующей армии более 4 тысяч шпионов и диверсантов и разоблачили более 30 тысяч гитлеровских пособников. С декабря 1943 г. по май 1945 г. в активе пограничников числилось около 6 тысяч разоблаченных шпионов и диверсантов, более 10 тысяч членов националистических банд, около 5 тысяч участников вооруженного подполья, более 24 тысяч захваченных военнопленных.
В этой связи представляет интерес доклад начальника ОВТ 7-й армии полковника Киселева командующему армией о более рациональном использовании погранчастей Карело-Финского округа. В своем докладе он писал: «В результате неправильного использования пограничников за первые два месяца войны пограничные части имеют до 50 процентов потерь в личном составе. Вместо нанесения внезапных ударов по тылам противника эти наиболее подвижные части, отлично ориентирующиеся в лесу, не нуждающиеся в дорогах, сидят в окопах в общей системе обороны или в лучшем случае охраняют фланги»26. Киселев предложил вывести Ухтинский, Ребольский, Кипран-Мякский погранотряды из оперативного подчинения командирам дивизий, подчинив их начальнику ОВТ, и возложить на них следующую задачу: «специально сформированными отрядами из пограничников и местного населения методами партизанской борьбы нарушать противнику подвоз продовольствия и боеприпасов. Через эти же группы руководить партизанскими отрядами, действующими в тылу противника»27.
Положения этого документа стали основой для разработки плана оперативного использования войск НКВД. Именно органы и войска НКВД (пограничные, внутренние и другие) сыграли