Исследуя советский период становления и развития пограничных войск, следует отметить и репрессии, проводимые в 1920-1930-е годы. Первая крупная «чистка» войск была проведена уже осенью 1922 г. – весной 1923 г. Командный состав подвергался скрупулезной проверке. «Бывшие белые», «социально чуждые», военспецы, а также все остальные, на кого поступил компромат, были удалены как не соответствующие требованиям для службы в чекистских войсках.
В 1925 г., в связи с развернувшейся борьбой против троцкистов, руководство ОГПУ провело очередную чистку всех структур своего ведомства, в том числе и войск пограничной охраны. Проверке был подвергнут весь командный и начальствующий состав.
В 1929 г. вновь были приняты меры по проверке личного состава пограничных войск с целью изъятия «классово чуждых и социально опасных элементов». В результате, например, только в погранохране Украины было уволено и предано суду 112 человек. Тем не менее ЦК ВКП (б) в июне 1930 г. отметил, что эта проверка органами ОГПУ социального лица военнослужащих погранохраны и войск ОГПУ велась небрежно. Это послужило поводом для объявления еще одной проверки – в 1931 г. На этом, как известно, подобные «чистки» не кончились. Так, в 1935 г., после убийства С. М. Кирова, в войска НКВД ушел циркуляр следующего содержания: «В месячный срок, совершенно секретно, на основании имеющихся у вас материалов (автобиографий, аттестаций, характеристик, письменных отзывов, постановлений политорганов, материалов спецпроверок, партчисотк, постановлений органов НКВД и т.д.) проверьте личный состав вашего управления. Задача проверки – выявление среди сотрудников бывших троцкистов, зиновьевцев или сторонников других антипартийных организаций