В последние предвоенные дни оперативное использование пограничных войск планировалось по трем этапам.
На первом этапе, когда станет очевидной подготовка противника к нападению на СССР, пограничные войска должны были нести усиленную охрану государственной границы и путем разведки установить подход к границе войск противника и характер его оборонительных работ. Имея хорошо организованную разведку и получая от нее серьезные сведения, погранвойска ограничивались докладами, решений по которыми не было принято. Да их и не могло быть, если начальник разведывательного управления Генерального штаба генерал Ф. Голиков в докладе 20 марта 1941 г. высшему руководству страны отмечал «Слухи и документы, говорящие о неизбежности весной этого года войны против СССР, необходимо расценивать как дезинформацию, исходящую от английской и даже, может быть, германской разведки»24.
На втором этапе, когда противник предпримет разведку боем по всей границе, пограничным войскам необходимо было отразить нападение разведывательных отрядов противника и обеспечить выход в намеченные районы главных сил войск прикрытия границы. С началом боя с разведывательными отрядами противника предусматривалась поддержка пограничных войск передовыми отрядами соединений первого эшелона, войск прикрытия границы силами от роты до кавалерийского полка. Выход передовых отрядов к границе планировался в течение 30—45 минут после начала боя с противником. С выходом к границе передовые отряды должны были поступить в оперативное подчинение начальников пограничных отрядов. Борьба с группами войсковой разведки противника стала главным направлением в деятельности пограничников. Только, в течение 1940 г. пограничники выявили и ликвидировали на западной границе 211 разведывательных и диверсионных групп. Однако полностью пресечь разведывательную, диверсионную и другую подрывную деятельность немецкой разведки не удалось. В 1940 году 3590 раз безнаказанно перешли границу 10400 нарушителей. Основная масса таких прорывов была допущена на западной границе – 7053 человека25.
Третий этап начинался после вторжения на территорию СССР основных сил противника. С началом приграничных боев и сражений пограничные войска должны были перейти в оперативное подчинение командования войск Красной Армии и действовать по его указаниям. Конкретные задачи погранвойск на этом этапе, как правило, не определялись. В некоторых планах предусматривалось, что пограничники, действуя самостоятельно на отдельных направлениях, будут прикрывать выдвижение главных сил армий к границе.
С началом войны пограничным войскам пришлось решать следующие основные задачи: вести боевые действия с разведывательными подразделениями и передовыми частями