В целях наилучшей организации охраны границ инструкция обязывала создать сторожевую и разведывательную службу. Основой в охране границ признавалась разведывательная служба. Инструкцией определялось, что разведка должна служить основанием для изучения данных о лицах, занимающихся контрабандным промыслом, об организации контрабандного промысла, для получения сведений о направлении движения и характере контрабанды и т. д. Сторожевая служба строилась по линейному принципу в одну или несколько линий, так как, согласно инструкции, линейная охрана дозорами и часовыми наиболее соответствует сторожевому охранению. Вместе с тем, данная инструкция не отвечала предъявляемым требованиям и в феврале 1919 г. она была отменена и Военный совет пограничной охраны предписал временно руководствоваться положениями «Инструкции службы чинов ОКПС» 1912 г.
Поскольку основной задачей при охране границы в то время считалась борьба с контрабандой, то 29 июня 1918 г. СНК принял декрет о передаче погранохраны в ведение Народного комиссариата торговли и промышленности. Однако 19 августа 1918 г. был принят декрет СНК «Об объединении всех вооруженных сил Республики в ведение Народного комиссариата по военным делам».
К этому времени пограничная охрана на западном участке границы имела в своём составе Военный совет, ГУПО и три пограничных округа. Первый округ (управление находилось в Петрограде) имел в своем составе пять районов (Беломорский, Олонецкий, Финляндский, Петроградский, Чудский)4, второй (управление – в Минске) – пять районов (Себежский, Порховский, Витебский, Оршанский, Чериковский), третий округ (управление – в Орле) – 4 района (Брянский. Льговский, Курский, Острогожский)5.
В каждый пограничный район входило до трех-четырех подрайонов, последние делились на три дистанции, от них выставлялись заставы и посты. Охрана границы осуществлялась несением разведывательной и сторожевой службы. При этом разведка носила оперативно-тактический характер и велась соответствующими службами районов, подрайонов и дистанций.
Однако такая организация оказалась явно несовершенной. В этой связи 31 июля 1918 г. Военный совет пограничной охраны обратился в ВЧК с просьбой создать специальные чекистские органы для наведения порядка в приграничной полосе и вскоре по указанию Ф.Э.Дзержинского были созданы три окружные пограничные ЧК (Петроградская, Смоленская и Курская), 34 участковые пограничные ЧК (Себежская, Витебская, Оршанская, Могилевская, Рогачевская и др.), а при ВЧК образован пограничный подотдел.
Распоряжением Реввоенсовета Республики от 1 февраля 1919 г. пограничная охрана была преобразована в пограничные войска, пограничные округа – в пограничные дивизии, районы – в пограничные стрелковые полки, подрайоны –