En el marco de esa misma fuente hay que integrar obras escritas por autores indios o mestizos quienes reunieron información importante sobre su pasado como el Popol Vuh y el Chilam Balam. A partir de los años sesenta del siglo pasado esos documentos han comenzado a ser ampliamente utilizados.
La segunda fuente que ha crecido muy rápidamente es la arqueología y sus ciencias auxiliares. Fue a finales del siglo XIX cuando se iniciaron las grandes excavaciones con Leopoldo Batres (1852-1926) en Teotihuacan, Edward Thompson en Chichón Itzá y W. H. Holmes, quien estudió arquitectura, cerámica y minas de obsidiana prehispánicas. Entre 1917 y 1940 Manuel Gamio (1883-1960) comienza una segunda ronda de excavaciones como parte de un proyecto de investigación antropológica en la zona de Teotihuacan, en la cual pasado y presente coexisten y los propósitos científicos se aúnan a la política de asistencia social. Se considera que con esas excavaciones se inicia en México la arqueología como disciplina científica.
A invitación de Gamio, Cummings realizó importantes excavaciones en Cuicuilco. En 1928 y 1929 Robert Vaillant excavó en Zacatenco y en el sitio llamado El Arbolillo. En 1934 se promulgó la primera ley para protección y conservación de monumentos arqueológicos e históricos. En los años treinta los arqueólogos mexicanos Miguel Ángel Fernández, M. Bazán y Agustín García Vega realizaron importantes excavaciones en diferentes partes del país; la Institución Carnegie cavó en Chichén Itzá; y algunos arquitectos, como Ignacio Marquina, se interesaron en la construcción de pirámides y el trazo de ciudades.
En los años cuarenta y cincuenta predomina la escuela de Alfonso Caso, cuyo interés se centra en el estudio de las grandes civilizaciones y el rescate de sus monumentos. losé Acosta e Ignacio Bernal reanudan las excavaciones en Teotihuacan, intentando revelar la etapa de la última ocupación. René Millón y William T. Sanders dirigen un proyecto multidisciplinario en la misma localidad, logrando resultados importantes en materia de sistemas de irrigación y trazo urbano. Alberto Ruz realiza excavaciones exitosas en Palenque, iniciando estudios con el enfoque de asentamiento introducido por Willey. En Oaxaca, Flannery y Blanton estudian varios sitios, concentrándose en la interacción hombre-medio ambiente.
En los años setenta se acrecienta la descripción minuciosa de sitios arqueológicos y diversos materiales, concentrándose en el cerámico que permite importantes avances en la clasificación y la tipología. En esta labor destaca la obra de Florence Muller y Eduardo Noguera. Noemí Castillo y Jaime Litvak introducen nuevos métodos y enfoques. En 1965 Carlos Navarrete inicia la publicación de los resultados de sus investigaciones en Chiapas. Destacan también las obras de José Luis Lorenzo y Pedro Armillas, que aúnan la labor arqueológica con las interpretaciones inspiradas en Marx, Gordon Childe y Wittfogel. Lorenzo se centra en el estudio de la época lítica y la revolución neolítica. Armillas, en el origen de la agricultura y los sistemas de riego.
Román Piña Chan investiga y explora en muy diversos sitios de Mesoamérica, fundamentalmente en los grandes centros ceremoniales y urbanos. Destaca también la obra de Ángel García Cook, quien participa en diversos proyectos internacionales y tiene una importante obra publicada. Más tarde se dedican cuantiosos recursos al salvamento de restos arqueológicos en peligro de ser destruidos por obras civiles para gaseoductos y presas, como las de Angostura, la Villita y Palos Altos, en Chiapas. Estos esfuerzos produjeron resultados interesantes, como los relacionados con los entierros rescatados de la presa de Infiernillo.
A principios de los años setenta se inician proyectos multidisciplinarios de gran envergadura entre los cuales destacan los dirigidos por Millón, Sanders y Mac Neish. El primero orienta sus esfuerzos a un trabajo inédito: la elaboración de un mapa detallado de una de las principales ciudades del Altiplano. El segundo combina varios enfoques en un ambicioso estudio de patrones de asentamiento; y el audaz proyecto de Mac Neish en el Valle de Tehuacán será descrito más adelante. Puebla-Tlaxcala es sede de un importante proyecto alemán de estudio regional.
Entre 1978 y 1982 Eduardo Matos realiza excavaciones que llevan a los imponentes descubrimientos del Templo Mayor en el corazón mismo de la ciudad de México y más tarde dirige un importante proyecto multidisciplinario en Teotihuacan. En los años ochenta se llevan a cabo notables proyectos en el sur de Morelos, el área de Cobá, en la Huasteca, así como el de la isla de Cozumel, dirigidos por Sabloff, Fried y otros.
La tercera fuente es la etnología y la etnografía, que se inician con los esfuerzos pioneros de conquistadores, cronistas y sacerdotes que llegaron a América en la primera mitad del siglo XVI. Está representada por relatos, correspondencias y libros descriptivos entre los cuales no pueden dejar de mencionarse los de Hernán Cortés y Bernal Díaz del Castillo. A éstos siguieron muchos otros como La monarquía indiana de Torquemada, publicada hacia 1614. El fraile que residió en la Nueva España más de medio siglo reunió una importante biblioteca de manuscritos indígenas y tuvo trato con informantes. Historia general de las Indias, de Francisco López de Gomara aporta datos importantes y la Brevísima relación de la destrucción de las Indias de Bartolomé de las Casas que, al tratar de los efectos de la conquista sobre los indios, proporciona informes de su pasado. Importantes como son, estas fuentes llevan la marca de los sueños, los prejuicios y los intereses de sus autores y sólo pueden ser usadas en contrapunteo cuidadoso con otras fuentes arqueológicas e indias en una lectura crítica rigurosa. Desde 1540 fray Bernardino de Sahagún y un equipo de asesores nahuas trabajaron en una enciclopedia monumental que fue terminada en 1570 y cubre todos los aspectos de la historia antigua de los nahuas. El libro fue publicado primero en náhuatl y más tarde traducido al español. La lista de las aportaciones principales de misioneros, viajeros, investigadores y científicos de los siglos XVII, XVIII y XIX llenaría un volumen de buen tamaño.
La escuela moderna de etnología mexicana surgida después de la Revolución ha investigado numerosos temas relacionados con aquellos que nos interesan en el presente trabajo. En 1925 Carlos Basauri realiza importantes trabajos de campo entre los tarahumaras, y así empieza las labores que le permitirían en 1940 publicar la obra enciclopédica La población indígena de México. En los mismos años trabajan en México Redfield y Parsons. A finales de los años treinta Jacques Soustelle investiga sobre formas de compadrazgo. Ralph Beals estudia a los huicholes de Tuxpan. Sol Tax elabora su teoría según la cual los pueblos mesoamericanos conservan intactos muchos de sus rasgos originales; y Pozas escribe sobre San Juan Chamula. Ambas aportaciones se transforman en puntos de referencia obligados para labores posteriores. Miguel Othón de Mendizábal realiza trabajos importantes que incursionan frecuentemente en la historia antigua; y Villa Rojas llega a ser uno de los mejores conocedores de la cultura maya contemporánea. Otro etnólogo francés, Robert Guessain, se instala a finales de los años treinta entre los tepehuas de la Huasteca y estudia cultos y ceremonias de sus religiones.
Estudios importantes sobre la permanencia de las formas culturales y religiosas se publican en los años sesenta, como el imponente Handbook of Middle American Indians. Pablo Vázquez y José Corona Núñez arrojan nuevas luces sobre Champán y Cuitzeo. La doctora Isabel Kelley estudia a los totonacas, Oscar Lewis y Foster investigan varias comunidades y emiten audaces teorías de interpretación. Más recientes, destacan los trabajos de Guillermo Bonfil, Margarita Nolasco, Roberto Cervantes y Lilia González. Los huicholes y coras son estudiados por Otto Klinberg y Evon Vogt, en una lista que dista mucho de ser una aproximación a la riqueza y diversidad de los trabajos producidos.
La cuarta fuente está representada por importantes obras de síntesis e interpretación que se han ido sucediendo desde finales del siglo XVIII. Quienes no son especialistas en historia prehispánica difícilmente pueden recurrir a las fuentes primarias y deben por necesidad confiar en publicaciones de especialistas en diferentes campos, después de confrontar con gran cuidado versiones divergentes, posiciones polémicas y debates fructíferos. Entre