El norte de las actividades lo debía señalar la Historia Natural en el sentido de Carlos Lineo, pero Mutis decidió que se centraría no en la sistemática, sino en la iconografía botánica; en Santafé el equipo de pintores llegó a ser de 19, la dirección estuvo a cargo de Salvador Rizo. La productividad de los colaboradores generó contradicciones con la dirección vertical de Mutis. Caldas, Zea, Lozano y Valenzuela criticaron la orientación iconográfica de la flora de Bogotá. La Expedición era de la propiedad de Mutis, quien murió en 1808, su sobrino Sinforoso Mutis recibió mediante testamento la dirección del proyecto. (Becerra y Restrepo, 1993, p. 3)
La biblioteca de Mutis era excepcional, más de quince mil ejemplares incluía los textos más importantes de la ciencia del momento, comparable según Humboldt con la de Sir Joseph Banks en Londres, la más importante consagrada a la botánica; Mutis cumplía un papel intermediario entre la ciencia y la política como catedrático del Colegio del Rosario. Con la expedición se tejió para una minoría un complejo cultural, político, filosófico y científico. (Esleben y Arteaga, 2008, p. 4)
De acuerdo con Díaz Piedrahíta (2000), un acontecimiento inesperado sorprendería a estos personajes y a su proyecto: Federico Enrique Alejandro Barón de Humboldt, en la compañía de Amadeo Bonpland, planearon llegar a las Filipinas para incorporarse a la expedición de Louis Antoine de Bougainville. Pero las condiciones del tiempo retrasaron el plan; desembarcaron en Cartagena en 1801 (había iniciado su expedición americana en Venezuela, a mediados de 1799), bajaron por el río Magdalena para pasar a Santafé, de allí a Popayán, luego a las ciudades de Quito y Lima, donde se encontrarían con Baudin.
Era una buena oportunidad para conocer a José Celestino Mutis, a quien Carlos Linneo lo mencionaba como el máximo botánico americano: una extraña planta tropical (asterácea) enviada por Mutis (clavellino) desconcertó a Linneo, y la bautizó como Mutisia, en honor a Mutis.
Humboldt permaneció por cinco años en este continente, uno de los cuales dedicó al territorio colombiano:
Sabía mirar y ver para saber, dominaba el arte de la observación; aquí captó la inmensidad de la cordillera Andina, la majestad de los Andes del trópico, la diversidad de paisajes, climas y formaciones vegetales, desde los espesos manglares hasta los grandes páramos en el límite con las nieves perpetuas donde proliferaban nichos ecológicos y variedades taxonómicas. Adquirió una visión integral de la naturaleza; comprendió algunos fenómenos naturales, la grandeza de la flora y fauna tropical.
En su ascenso a Santafé, en marzo de 1801, Humboldt vio algo que antes ninguno había comprendido: la organización de los seres vivientes respondía en buena medida al clima, y ese clima estaba condicionado por la altitud sobre el nivel del mar. Era consciente de lo maravilloso del trópico; pudo descubrir lo extraordinario de lo cotidiano. Cinco años después, en 1804, regresaba a París, donde fue recibido como “héroe”, llevaba muchas especies desconocidas por los sabios de su tiempo; pero lo más trascendental, concibió una visión del trópico que transformaría el conocimiento en su época. “La Nueva Granada fue el lugar donde los ojos de Humboldt captaron por primera vez la grandeza de la cordillera andina; fue en Colombia donde adquirió una visión integral de la naturaleza y donde mejor comprendió la grandeza de la flora tropical”. (Díaz Piedrahíta, 2000, p. 2)
Francisco José de Caldas era también un estudioso del paisaje y de la zoografía:
Cerca de la boca del volcán Puracé, en compañía de Antonio Arboleda, al tratar de medir la temperatura del hielo fundente, para verificar si la misma variaba con la altitud, el termómetro se rompió, lo tuvo que reparar en Popayán (reemplazarlo era muy costoso), lo calibró tomando como parámetros dos valores definidos: la temperatura del hielo fundente (0°) y el del agua en ebullición (80°). Así estaba construyendo un hipsómetro, es decir un termómetro lo suficientemente sensible para medir la altura en forma indirecta, deduciéndola del punto de ebullición y que paralelamente hacía posible determinar la presión atmosférica. Este método no se había utilizado en el mundo, así se conociesen en el Viejo Continente diversas fórmulas aplicables a tal deducción. (Díaz Piedrahíta, 2000, p. 7)
Caldas y Humboldt compartían un curioso paralelismo: coetáneos; poseedores de inteligencia excepcional, carácter difícil, interesados en materias similares; autodidactas, y en el campo en que menos sobresalieron fue en el de sus propias profesiones. Ambos tuvieron una personalidad excepcional que les confirió fuerza creadora (Díaz Piedrahíta, 2000):
Para Caldas, el clima y [el] ambiente eran expresiones idénticas y fue el primero en nuestro medio en prestar atención al medio ambiente, aunque tímidamente y, como precursor del tema, restó importancia a algunas de sus observaciones. En este escrito define el clima en su sentido más amplio y expone los principios básicos o conceptos generales de la ecología, tal como se pueden aplicar en forma amplia y sin referirse a un grupo de organismos en particular. (Díaz Piedrahíta, 2012, p. 172)
Caldas esperaba ser el heredero de Mutis; era su discípulo y como tal aspiraba a convertirse en el director del proyecto. Era, en opinión de Becerra y Restrepo (1993):
[…] el cargo mejor remunerado, el de más visibilidad y prestigio; pero por decisión de Mutis, después de su muerte, la dirección de la Expedición fue heredada por su sobrino Sinforoso Mutis; Caldas afirmaba que Mutis lo había presentado ante el Virrey como el báculo de su ancianidad y el heredero de sus conocimientos. (p. 3)
Jorge Tadeo Lozano fue el pionero de los estudios en animales. Alcanzó a publicar memorias sobre las serpientes y las terapéuticas empleadas en las diferentes regiones del territorio frente al accidente ofídico. Estudió la fauna cundinamarquesa (1806) y la flora de Bogotá (1809). Tuvo un ambicioso proyecto de trabajo que no alcanzó a completar, pues los hechos posteriores a la Independencia truncaron los proyectos de la Expedición. Caldas, Lozano, Rizo y otros fueron condenados a muerte; los libros, instrumentos y materiales fueron vendidos. Las láminas, los herbarios y las colecciones animales y vegetales fueron remitidos a España. El desmantelamiento de la expedición fue un hecho lamentable en la historia de las ciencias nacionales (Becerra y Restrepo, 1993).
La reconquista liderada por Pablo Morillo estuvo en parte financiada con los réditos de los hallazgos y los productos como las “quinas amargas” de la Expedición Botánica (Esleben y Arteaga, 2008; Hernández de Alba, 1991).
Aspectos sociales y políticos previos a la Independencia
Jaramillo (1974) señala que los datos presentados por Francisco Silvestre sobre el censo de los pueblos que hacían parte de la Audiencia de Santafé en 1789: la población era de 826.550 habitantes.
Los españoles y criollos (32,7 %) representaban un grupo influyente por su control sobre los cargos burocráticos y su participación en las actividades comerciales de importación y exportación que se realizaban por los puertos del Atlántico, donde las firmas de Sevilla y Cádiz tenían sucursales y representantes.
[…] algunos se vincularon a las familias criollas por enlaces matrimoniales, como ocurrió en Cartagena. No solo por su poder burocrático y por su significación económica, sino por el acatamiento y reverencia que le otorgaba una sociedad en la que el linaje seguía siendo fuente de privilegios y prestigio, el poder político y social de este grupo seguía siendo considerable en vísperas de la Independencia y constituyendo un motivo de hostilidad y malquerencias de parte del sector de los criollos, que al finalizar la centuria llegaba a ser el grupo dominante. (Jaramillo, 1974, p. 24)
Los mestizos representaban el 45,7 %, con el mayor índice