8 червня Троцький видає наказ № 108 «Кінець махновщині!» і приїжджає до Катеринослава, щоб особисто керувати боротьбою проти Махна. У Катеринославі Троцький видає наказ про створення Військово-революційного трибуналу на чолі з Г. П’ятаковим, колишнім головою уряду УСРР. Цей трибунал мав широкі повноваження, щоб «розпеченим залізом» випалити «махновщину». Розстріли заручників, розстріл за приховування зброї, розстріл родичів махновців, каральні загони та блокада сіл – така «різноманітна діяльність» була у цього кривавого трибуналу. Троцький видає наказ про розстріл усіх, хто стане «під прапори Махна».
4 червня 1919 р. махновські частини здійснили спробу контратакувати білогвардійців. Але за добу білі перешли в загальній наступ. Кінний корпус Шкуро, наступаючи на Захід, вийшов у тил махновцям. На цей час проти махновців діяла білогвардійська група, яка складалася з 14 тис. вояків, 8 панцерних потягів та 83 гармат.
Деякі махновські полки, опинившись у повному оточенні, без набоїв, повністю загинули – полонених повстанців білі страчували. Не маючи артилерійської підтримки, вони з холодною зброєю кидалися в бій проти козачої кавалерії, ішли під кулеметний вогонь, гинули сотнями, не залишаючи своїх позицій. Біла кіннота несподівано прорвалася до Гуляйполя. Маючи ще 10 тис. повстанців, Махно спробував утворити заслін перед білими біля Гуляйполя. На деякий час махновцям вдалося вибити ворога з околиць Гуляйполя. Селяни Гуляйполя із сокирами та вилами вели рукопашний бій проти білогвардійців, надихаючись прикладом батька, який перебував в епіцентрі бою. Кілька разів коні під Махном гинули, але сам він залишався неушкодженим. 8 червня 1919-го три кінні полки козаків вибили махновців з Гуляйполя. Під час боїв неподалік від Гуляйполя, на ст. Гайчур, були зосереджені частини Червоної армії (3 тис. бійців), що не втручалися в бій між махновцями та білими. За розрахунками Троцького, білі мали безперешкодно допускатися в район махновців, для того щоб знищити «анархістську заразу».
Ворошилов (у цей час він поєднував посади наркома внутрішніх справ УСРР і командувача 2-ї армії), отримавши наказ від Троцького про ліквідацію махновців, наказав Махнові та членам його штабу прибути для переговорів про реорганізацію військових частин на ст. Гайчур. Махно, зрозумівши, що готується розправа, утік просто з вагона Ворошилова, застреливши охоронця. Лічені хвилини відділяли його від підступної кулі. Частина махновської делегації не встигла від’їхати зі ст. Гайчур і була заарештована й під охороною відправлена до Харкова, де махновці були негайно розстріляні. Серед арештованих і страчених були начальник штабу Озеров, заступники начальника штабу, командир полку, ад’ютант