В многочисленных письмах к Главному священнику Кавказской армии Иванов говорит, что отец Иоанн болен, «стал строптивым и дерзким», не заботится о соборе и благолепии богослужения, делает «голословные заявления о каких-то корыстных моих видах по управлению соборным достоянием», неуживчив и «к службе более не способен».
Комендант просит удаления священника «от занимаемой им должности и о назначении на его место другого Настоятеля Собора:, которому я [комендант] вверю, конечно, под моим контролем, непосредственное распоряжение всем соборным достоянием».
В числе проступков Пятибокова комендант видит такой факт. Однажды во время богослужения отец Иоанн, увидев его беседующим с плац-майором (как пишет комендант – по служебным делам), послал причетника сделать им замечание, тем самым скомпрометировав их перед всеми прихожанами.
После этого комендант и плац-майор буквально засыпали письмами Главного священника Кавказской армии, требуя перевода отца Иоанна, «приносящего существенный вред не только службе, но и всей окружающей его среде». Комендант пишет: «Во время совершавшейся в Соборе торжественной заупокойной панихиды по в Бозе почившей Государыне Императрицы Марии Александровне, когда после провозглашения «вечная память», я в присутствии многочисленной публики подошел приложиться ко Святому Кресту, то в этот самый момент Протоиерей Пятибоков возымел дерзость передать крест младшему по нем священнику Григорию Щербине, а сам стремительно убежал в алтарь, подобное его действие я признаю, в духе воинской дисциплины, за личное для себя оскорбление, не допускающее для себя никакого оправдания».
После этого случая военное руководство даже требует комиссию «для освидетельствования умственных способностей» отца Иоанна.
Главный священник Кавказской армии С.И. Гумилевский пытался замять конфликт и предлагал Пятибокову перевод в Севастопольский морской собор, хотя бы и с меньшим окладом жалованья.
Но, в конце концов, отец Иоанн был вынужден в августе 1882 года подать прошение об отставке.
Протоиерей Иоанн Пятибоков, 1880-1890-е годы
Примечательно, что заместитель С.И. Гумилевского протоиерей Димитрий Виноградов Главному священнику армии и флота П.Е. Покровскому писал: «По моему мнению, если Господин Карский Комендант выписывает содержание на двух вольнонаемных псаломщиков Карского Собора, не состоящих на лицо, и распоряжается этими деньгами по собственному усмотрению и под свою ответственность, то Протоиерею Пятибокову