Zamach ten rozwścieczył i w najwyższym stopniu zawstydził przywódców Izraela. Rada Bezpieczeństwa ONZ uznała go za „akt tchórzostwa popełniony przez przestępczą bandę terrorystów w Jerozolimie”, w „New York Timesie” zaś napisano nazajutrz: „Żadna arabska armia nie wyrządziłaby tak dużej krzywdy [państwu izraelskiemu] w tak krótkim czasie”93.
Ben Gurion postrzegał brutalną akcję Lechi jako poważne zagrożenie dla swojej władzy, które mogło doprowadzić do zamachu stanu lub nawet wojny domowej94. Zareagował natychmiast: zdelegalizował zarówno Irgun, jak i Lechi. Rozkazał też szefowi Szin Betu Isserowi Harelowi urządzić obławę na członków tej drugiej organizacji. Na szczycie listy poszukiwanych znalazł się Icchak Szamir. Nie złapano go, ale wielu innych i owszem – trafili do silnie strzeżonych więzień. Lechi jako organizacja przestała istnieć95.
Ben Gurion był wdzięczny Harelowi za jego stanowcze kroki wobec podziemia i uczynił go najważniejszą postacią izraelskiego wywiadu96.
Niski, silny i zdeterminowany Isser Harel zapatrzył się w bolszewików i ich techniki sabotażu, walkę partyzancką i zamachy, jednak równocześnie żywił głęboką odrazę do komunizmu. Pod jego kierownictwem Szin Bet prowadził nieustanną inwigilację przeciwników politycznych Ben Guriona, zarówno lewicowych socjalistów i komunistów, jak i członków prawicowej partii Herut utworzonej przez byłych członków Irgunu i Lechi97.
Tymczasem Ben Gurion i minister spraw zagranicznych Mosze Szaret spierali się o to, jaką taktykę stosować wobec Arabów. Szaret, najbardziej po Ben Gurionie znaczący z wczesnych przywódców Izraela, uważał, że dyplomacja to najlepszy sposób na uzyskanie pokoju w regionach, a co za tym idzie w całym kraju. Jeszcze przed proklamowaniem niepodległości prowadził tajne rozmowy z królem Transjordanii Abdullahem I i premierem Libanu Rijadem as-Sulhem, którzy w dużej mierze przyczynili się do utworzenia koalicji państw arabskich i w znaczącym stopniu odpowiadali za ataki palestyńskich bojowników w Jiszuwie. Mimo swojej napastliwej antyżydowskiej retoryki i antyizraelskich akcji pod koniec 1948 roku as-Sulh kilka razy spotkał się potajemnie w Paryżu z Elijahu Sasonem, jednym z zastępców Szareta, żeby przedyskutować porozumienie pokojowe. „Jeśli chcemy kontaktować się z Arabami w sprawie zakończenia wojny – powiedział Sason, kiedy Szaret, entuzjastycznie nastawiony do jego tajnych kontaktów, poprosił go o złożenie raportu – musimy się kontaktować z tymi, którzy w tej chwili są u władzy. Z tymi, którzy wypowiedzieli nam wojnę […] i wciąż przysparzają nam kłopotów”.
Wszystkie te dyplomatyczne podchody nie przyniosły pożądanych rezultatów, dlatego 12 grudnia 1948 roku Ben Gurion zlecił funkcjonariuszom wywiadu wojskowego zabicie as-Sulha98.
„Szaret stanowczo sprzeciwiał się temu pomysłowi – wspominał Aszer (Artur) Ben Natan, czołowa postać w departamencie politycznym izraelskiego MSZ, odpowiadającym za tajne akcje za granicą. – A kiedy nasz wydział poproszono o pomoc, bo mieliśmy przydatne kontakty w Bejrucie, odwołał ten rozkaz, skutecznie uniemożliwiając zabójstwo”99.
Ten incydent, jak również inne liczne starcia między Harelem i Szaretem, rozwścieczyły Ben Guriona. Uznał metody dyplomatyczne za słaby substytut działań wojskowych i wywiadowczych, a Szareta za konkurenta zagrażającego jego działaniom. W grudniu 1949 roku odłączył departament polityczny od MSZ i umieścił go pod swoim bezpośrednim kierownictwem. Jakiś czas później nadał mu nową nazwę: Instytut do spraw Wywiadu i Zadań Specjalnych. Jednak powszechnie znany on jest po prostu jako Instytut – czyli Mossad.
Wraz z powstaniem Mossadu służby specjalne Izraela zaczęły składać się z trzech agencji, które do dzisiaj mają mniej więcej taki sam kształt: Amanu, czyli wywiadu wojskowego dostarczającego informacje Siłom Obronnym Izraela, Szin Betu, odpowiedzialnego za wywiad wewnętrzny, zwalczanie terroryzmu i kontrwywiad, oraz Mossadu, który zajmuje się tajnymi akcjami poza granicami kraju100.
Tak czy owak, było to zwycięstwo osób, zdaniem których przyszłość państwa izraelskiego zależała od silnej armii i służb specjalnych, a nie od dyplomacji. Zwycięstwo to znalazło odzwierciedlenie nawet w tak przyziemnych kwestiach jak przydział nieruchomości: budynki Templegesellschaft w Tel Awiwie, które zajmował Department Polityczny, przekazano Mossadowi. Było to również osobiste zwycięstwo Issera Harela. Stał już na czele Szin Betu; teraz został na dodatek szefem Mossadu, co czyniło go jedną z najpotężniejszych (i zarazem najbardziej tajemniczych) postaci w historii Izraela101.
Od tego momentu izraelska polityka zagraniczna oraz bezpieczeństwo państwa zależały od starć między Tel Awiwem (gdzie mieściły się siedziby dowództwa wojskowego i wywiadu oraz Ministerstwo Obrony i gdzie spędzał najwięcej czasu Ben Gurion) a Jerozolimą (gdzie w barakach z prefabrykatów urzędowało Ministerstwo Spraw Zagranicznych). Tel Awiw zawsze wygrywał.
Ben Gurion wciąż bezpośrednio kontrolował wszystkie agencje102. Mossad i Szin Bet podlegały mu jako premierowi, a wywiad wojskowy dlatego, że był również ministrem obrony. Nastąpiła ogromna koncentracja władzy – zarówno tej tajnej, jak i jawnej. Jednak od samego początku trzymano wszystko w tajemnicy przed opinią publiczną. Ben Gurion nie pozwolił, aby ktoś wiedział, że ta rozległa sieć instytucji w ogóle istnieje (nie mówiąc już o ujawnieniu jej działań). Wypowiadanie publicznie nazw Szin Bet i Mossad było zabronione aż do lat sześćdziesiątych XX wieku. Dzięki temu, że nikt nie wiedział o ich istnieniu, premier nie musiał się troszczyć o podstawy prawne akcji przeprowadzanych przez agencje. Żadne przepisy nie regulowały ich celów, roli, misji, sił czy budżetów lub powiązań między nimi.
Innymi słowy, izraelski wywiad od samego początku działał w królestwie cieni i chociaż formalnie podlegał instytucjom państwa, to jednocześnie był od nich oddzielony. Działania służb specjalnych – większość z nich (Szin Bet i Mossad) podlegała bezpośredniej jurysdykcji premiera – odbywały się bez jakiegokolwiek nadzoru izraelskiego parlamentu, Knesetu, czy jakiejkolwiek innej zewnętrznej i niezależnej instytucji.
Wkrótce określenie „bezpieczeństwo państwa” stało się wygodnym wytrychem usprawiedliwiającym wiele akcji, które w normalnym świecie skutkowałyby procesami i długoletnimi karami więzienia: stałą inwigilację obywateli z powodu ich przynależności etnicznej lub poglądów politycznych; metody przesłuchań, przedłużające się pozbawienie wolności bez wyroku sądu i tortury; krzywoprzysięstwo i ukrywanie prawdy przed prokuratorami