Текстологический метод анализа базируется на анализе доктринальных норм и положений, изложенных в священных текстах, а также трудах ключевых идеологов того или иного движения и течения. Центральную роль здесь играет понятие «ортодоксии» как соответствия целей, доктринальных норм и положений ключевых трудов и идеологем того или иного фундаменталистского и течения положениям Корана и Сунны. Это уместно постольку, поскольку идеология фундаментализма основывается на буквальном прочтении какого-либо значимого текста, следовательно, его всесторонний анализ является ключевым для оценки фундаменталистского учения. Например, идеологи различных исламских фундаменталистских групп часто ссылаются на работы, ставшие своего рода классическими для мусульманского фундаментализма, например тексты ибн Ханбала, Ибн Тамийи, Мухаммада аль-Ваххаба, в какой-то степени – Сейида Кутба, с целью продемонстрировать, что те или иные положения, та или иная деятельность не соответствуют доктринальным положениям ислама, нормам исламского шариата или буквальной трактовке значимых для традиции текстов. Повышенное внимание к текстам является имманентно присущей сущностной характеристикой фундаментализма, следовательно, текстологический анализ самих фундаменталиcтских текстов и идеологем необходим для качественного понимания сущности того или иного течения или учения. Среди ученых, исповедующих этот метод, можно упомянуть М.Т. Степанянц, Л.Р. Сюкияйнена и З.И. Левина. Разумеется, этот метод также обладает односторонностью: концентрируясь на изучении текстов, текстологический анализ ничего не говорит о связи этих текстов и идеологем с реальной деятельностью групп, которая и должна быть главным объектом исследования, объяснения и предсказания, поскольку текст никогда не совпадает с реалиями, с какой бы степенью усердия ни пытались его онтологизировать.
Сущностный метод заключается в исследовании практической деятельности фундаменталистских организаций по претворению теоретических идеалов, изложенных в текстах и идеологемах, в жизнь. Так, В.В. Наумкин, Р.Г. Ланда, А.А. Игнатенко и А.В. Малашенко проводят анализ деятельности исламских фундаменталистских организаций, опираясь на авторитетные сочинения мусульманских богословов, являющихся источниками целеполагания и идеологем для учения или течения. Такой подход позволяет охватить одновременно и цели, и сущность радикального учения, правда, схожие или даже идентичные учения при подобном подходе могут оказаться различными лишь на основании самоопределения его сторонников.