Приказом от 26 июня 1920 г. был определен следующий состав Морских сил Северного моря:
1. Морской отряд.
2. Речная флотилия.
3. Гидрографическая экспедиция Северного Ледовитого океана.
4. Гидрографическая экспедиция Белого моря.
5. Дирекция маяков и лоции Белого моря.
6. Суда береговой обороны Мурманского района.
7. Водолазно-спасательная партия.
Таким образом, в составе Флотилии существовало сразу две гидрографические экспедиции, но с разными задачами.
В 1920—1922 годах Гидрографическая экспедиция Белого моря работала в заливах Белого моря.
В июле-октябре 1920 г. были возобновлены работы ГЭСЛО в Баренцевом и Карском морях на судах «Таймыр», «Арктур», «Беднота» (ранее «Л-т Овцын»), «Пахтусов», «Бонни». В 1920—1921 гг. экспедицией ГЭСЛО на судне «Таймыр» под руководством Н. В. Розе были выполнены отдельные рекогносцировочные описи в губах Чёрная, Каменка, в районе мыса Желания архипелага Новая Земля в Баренцевом море, начат промер в проливе Карские Ворота, а также для выбора места строительства радиостанции, произведена морская опись восточного берега архипелага Новая Земля от залива Благополучия до мыса Желания.
В 1920 году после окончания первых двух курсов Горного института в составе ГЭСЛО работал будущий видный ученый и инженер-контр-адмирал Всеволод Александрович Березкин (1899—1946), окончивший в 1922 году Военно-морское гидрографическое училище (в 1924 г. заочно окончил Географический факультет Петроградского государственного университета, а в 1928 году Гидрографический факультет Военно-морской академии), после чего получивший назначение в ГЭСЛО.
В 1921 году в составе ГЭСЛО начал работать старшим производителем работ в будущем известный полярный ученый Владимир Юльевич Визе (по рождению в Царском селе Waldemar Kurt Blass-Wiese, 1886—1954), принимавший до этого в 1912 году участие в экспедиции Г. Я. Седова в качестве метеоролога. Необходимо отметить, что данную экспедицию Главное гидрографическое управление не поддержало из-за ее неподготовленности и отсутствия научных целей.
1 июня 1922 года ГЭСЛО была расформирована (фонд Р-898 РГА ВМФ), а ее личный состав и суда вошли в состав гидрографической партии Северного Ледовитого океана Гидрографического отряда УБЕКО-Север (фонд Р-457 РГА ВМФ).
Через месяц, 1 июля 1922 года, была расформирована и Гидрографическая экспедиция Белого моря, а личный состав и суда вошли в состав гидрографической партии Белого моря Гидрографического отряда УБЕКО-Север (фонд Р-552 РГА ВМФ).
Таким образом, две отдельные экспедиции: ГЭСЛО и Белого моря, вошли в состав одного Гидрографического отряда УБЕКО-Север в статусе отдельных партий.
14 апреля 1923 года в соответствии с приказом ГГУ №85 на базе гидрографической