К сожалению, 16 октября 1915 г. Гидрографическая экспедиция Северного Ледовитого океана была расформирована «по условиям военного времени». По представлению командира весь личный состав наградили орденами, медалями и памятным знаком. Сам Б. А. Вилькицкий был удостоен золотых медалей Русского и Французского географических обществ, Шведского общества антропологии и этнографии.
Необходимо отметить, что к началу Первой мировой войны на Северном морском театре находилось, не считая гидрографических судов, лишь одно русское военное судно – посыльное судно «Бакан», которое несло службу по охране рыбных промыслов в Белом и Баренцевом морях. В 1914 году, с учетом минирования германским военным флотом акваторий Баренцева и Белого морей, Россией были начаты переговоры о покупке у Японии трех бывших русских боевых кораблей: броненосцев «Полтава» и «Пересвет» и крейсера «Варяг» (затопленных в 1904 г., а затем поднятых и восстановленных Японией). Приобретение этих кораблей, а также покупка новых и перевод некоторых военных судов из Сибирской флотилии на Север позволили Морскому министерству в феврале 1916 г. принять решение об организации Флотилии Северного Ледовитого океана (СЛО).
Экспедиция «Отдельная съемка Белого моря» просуществовала до 1916 года, когда на ее базе приказом Морского министра по управлению Беломорским и Мурманским районами №93 от 16.12.1916 была организована Гидрографическая экспедиция Белого моря (фонд Р-552 РГА ВМФ).
В середине 1916 гг. суда «Таймыр» и «Вайгач» после ремонта и перевооружения также были включены в состав Флотилии в качестве дозорных и сторожевых судов для несения службы в Баренцевом и Белом морях.
На 7 октября 1917 г. во Флотилии СЛО числилось 89 боевых кораблей и одно вспомогательное судно:
– линейных кораблей – 1 («Чесма»);
– крейсеров –