К 1938 г. были выполнены: триангуляция 2-го и 3-го классов, топосъемка, промер в дельте реки Северная Двина и Горле Белого моря, в Мезенском, Кандалакшском заливах, на Карельском, Терском, Летнем, Зимнем берегах. Таким образом, была создана геодезическая основа по всему побережью за исключением Онежского залива, закончена систематическая опись на большей части Терского и Карельского берегов, Кандалакшском, Двинском и Мезенском заливах.
В 1936 году впервые на Севере при топографических работах была применена аэрофотосъмка побережья Белого и Баренцева морей.
До 1938 г. гидрографические работы в море ограничивались отдельными детальными съемками для составления крупномасштабных планов в Белом и Баренцевом морях. В годы Великой Отечественной войны экспедиция обеспечивала безопасное в навигационном отношении базирование кораблей, топогеодезическую подготовку береговой артиллерии, минные постановки и траление мин противника. Гидрографы участвовали в боевых действиях, в проводке конвоев (арктических и союзных), создании картографических материалов для десантных операций.
В 1942 году коллективом СГЭ по результатам работ сдал в Гидрографическое управление ВМФ 75 промерных и топографических планшетов подходов к Горлу Белого моря с обеих сторон (источник: монография П. П. Федотова, служившего в СГЭ в 1951—1975 гг., «Гидрографы в Арктике и Антарктике», Архангельск, Поморский университет, 2004, 169 с.).
Большая работа была проведена гидрографами СГЭ по обеспечению высадки десантов в период Петсамо-Киркенесской операции в 1944 г. Гидрографы СГЭ в период войны обеспечили проводку 1471 внутреннего конвоя, в том числе и по Северному морскому пути. Встретили 40 союзных конвоев и провели обратно 36 [П. П. Федотов].
В послевоенный период гидрографы СГЭ активно участвовали в боевом тралении в Баренцевом и Белом морях.
С 1951 г. ГС СФ приступила к выполнению правительственного задания по гидрографическому обследованию западного побережья архипелага Новая Земля, в том числе для проведения ядерных испытаний. Непосредственное руководство работами осуществлял опытный гидрограф, будущий начальник экспедиции (с 1953 г.), капитан 2 ранга Анатолий Казимирович Жилинский (выпускник Гидрографического факультета ВВМУ им. М. В. Фрунзе 1938 года, с 1961 года начальник Гидрографического предприятия Министерства морского флота в Ленинграде). В результате экспедиций уже к 1953 г. была осуществлена геодезическая связь архипелага Новая Земля с островом Вайгач через пролив Карские Ворота, а к 1955 г. завершены триангуляционные работы и произведена топосъемка береговой полосы общей протяженностью около 5 000 км. Прибрежным промером обследованы все проливы, бухты, заливы западного побережья островов, а морским промером – прибрежная полоса шириной 30—40 км, изучен гидрологический режим района. По материалам исследований составлено навигационно-гидрографическое