«Вопросы» в значительной мере учитывали то, к чему стремилась церковная иерархия, и в гораздо меньшей мере – то, чего хотело от церкви правительство. Поэтому С.Ю. Витте, уже от своего имени, представил в Комитет министров записку «О современном положении Православной церкви». В записке говорилось о «вялости внутренней церковной жизни», упадке прихода, отчуждении прихожан от священников, оторванности духовенства от «волнующих общество интересов», отсутствии «живого проповеднического слова» и, наконец, об «узкобюрократическом характере деятельности» всего церковного управления. В записке особо отмечалась слабая подготовленность духовенства «к борьбе с неблагоприятными Церкви умственными и нравственными течениями современной культуры <…> Государству же нужна от духовенства сознательная, глубоко продуманная защита его интересов, а не наивная вера в современное положение»78.
К.П. Победоносцев, ознакомившись с «Вопросами» Антония и запиской Витте, составил контрзаписку, в которой все предложения митрополита и Витте счел не только нежелательными, но и опасными. Основной огонь критики обер-прокурор направил против положения об ослаблении связи между церковью и государством. Но 17 апреля 1905 г. император подписал Указ о веротерпимости, а в Манифесте от 17 октября 1905 г. подтвердил намерения изменить церковную политику правительства. Все это заставило Победоносцева подать в отставку с поста обер-прокурора, который он занимал свыше 25 лет.
Отставка Победоносцева стала весьма благоприятным фактором для подготовки планов церковной реформы. По замыслу правительства важнейшие проблемы переустройства церкви мог решить церковный Собор. Этой мерой предполагалось оживить церковную жизнь и вновь подчинить влиянию церкви те слои населения, которые вышли из-под ее контроля. За созыв Собора выступали все основные группы духовенства, несмотря на острые разногласия по вопросу о его составе. Наиболее радикальными были взгляды, выражаемые группой петербургских священников, которая известна в тогдашней литературе как «группа 32-х». Она решила основать «Союз церковного обновления», чтобы от имени приходского духовенства высказывать свое мнение о предстоящей церковной реформе. «Обновленцы» выступили против синодальной формы правления, зависимости от государства, чрезмерной власти епископов. Члены «Союза» считали также необходимым ввести выборность всех церковных должностей снизу вверх.
17 декабря 1905 г. трех митрополитов – членов Святейшего синода вызвали к императору. На этой аудиенции они узнали, что император ничего не имеет против созыва Поместного собора.