Власть не могла не реагировать на происходящие события. В Основных законах Российской империи от 23 апреля 1906 г., в главе II «О правах и обязанностях российских подданных», было закреплено, что «российские подданные пользуются свободой веры. Условия пользования этой свободой определяются законом». То есть законодатель побоялся использовать термин «свобода совести», не говоря уже о том, чтобы отказаться от господствующей Церкви82.
В начале нового века дискуссия о свободе совести и веротерпимости оказалась в центре общественных интересов. В общественных кругах, на страницах печати начинают активно обсуждаться проблемы веротерпимости и свободы совести, сами эти понятия, которые до того зачастую использовались как синонимы, разводятся по смыслу. Взгляд общества на эти вопросы становится гораздо более широким, чем в предшествующие годы.
Анализируя последствия системы «союза церкви и государства» на основании результатов ее применения в России, еще один православный (но с обновленческой ориентацией) автор М. Лебедев (Казанская духовная академия) отмечал, что «осуществление принципа свободы совести <…> единственный выход из царства лжи и смерти, в который попадает «господствующая Церковь». Понятие же свободы совести, по мнению этого автора, неразрывно связано с основами христианства83.
Правящие круги в самом начале XX в. осознали необходимость скорректировать вероисповедную политику, в условиях модернизации страны, бурного экономического развития, нарастания революционных настроений правительство уже не могло игнорировать требования уравнять в правах все конфессии. По мнению современных исследователей, в этот период «скрыть факт банкротства государственной церковной политики было невозможно»84.
Кризис российского самодержавия, проявившийся в начале XX в. и в экономике, и в политике, и в сфере социальных отношений, не мог не отразиться на положении главной конфессии страны – Русской православной церкви, являющейся не только религиозной деноминацией, но и особым ведомством православного вероисповедания. Неслучайно в начале XX в. четко определились два неразрывно связанных направления предстоящих реформ: реформы внутри Русской православной церкви и реформы государственной вероисповедной политики в сторону если не свободы совести, то, по крайней мере, веротерпимости.
Изначально власти пытались обойтись «охранительными мерами». Так, по указанию императора в 1902 г. начинается разработка манифеста, в котором предполагалось обозначить основные направления