В ноябре 1686 года с освобожденными из плена казаками Якимом Ивановым и Григорием Фоминым император Канси направил русскому царю письмо.
В нём говорилось, что русские вторглись в чужие владения, опустошают его земли, жён и детей отнимают. Данные обстоятельства заставляют их готовиться к войне. Во избежание войны необходимо, чтобы русские ушли с Албазинского острога. Рубеж границы нужно определить до Якутска и жить мирно.
Это послание Цинского хана побудило боярство уговорить царя послать в Китай послов. Русский царь отозвался на послание императора и обещал разобраться с беспорядками на границе, надеясь решить мирным путем возникшие конфликты. Направив в Пекин в качестве послов по подготовке переговоров Н. Венюкова и И. Фаваритова, царь просит Цинского хана снять осаду Албазина и принять русских послов с царской грамотой. Вскоре после решения необходимых вопросов осада Албазина по приказу императора Канси была снята.
В период осады Албазина и боев в плен маньчжурам попала часть казаков, среди них были и такие, кто согласился принять китайское подданство. Эти казаки были переселены в Пекин и зачислены в лучшую часть войска. Им выделили земельные наделы и хорошо платили, так как это были храбрые воины. Не теряя своей веры, казаки построили в Пекине церковь Святой Софии, которая потом перешла к Русской духовной миссии.
В 1688 году на территорию, контролируемую русскими, перешло большое количество монголов и бурят, решивших принять русское подданство. Русское правительство заверило эти народы, что их не будут принуждать принять христианство.
12 августа 1689 года у Нерчинска состоялась встреча представителей России, которую представляли боярин Ф.А. Головин, боярин И.Е. Власов, дьяк С. Корницкий, и представителей маньчжуров Канси – сановники Сонготу и Дун Гоган, командующий войсками Лантань и другие лица.
Маньчжуры настаивали на определении границ до Якутска, затем стали требовать освободить земли только Забайкалья.
Переговоры отложили на другой день, в ходе которых требования маньчжуров были ограничены до уступки им приамурских земель до Нерчинска, но впоследствии они увеличили свои притязания до территории Охотского моря. Переговоры затянулись, были трудными, маньчжуры постоянно демонстрировали своё военное превосходство, угрожая осадой Нерчинска.
23 августа посольство Сюань Е было уведомлено о согласии России определить границу по реке Аргунь, согласии снести Албазин и вывести русское население с территории Албазинского уезда, с условием, что эта территория не будет заселяться маньчжурами. Цинская империя дала согласие на содействие русско-китайской торговле.
27 августа 1689 года в Нерчинске Россия заключила мирный договор с представителями Цинской империи. Это был первый международный договор, заключенный Китаем с европейским государством, и он был невыгоден для